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- PDB-3ddl: Crystallographic Structure of Xanthorhodopsin, a Light-Driven Ion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddl
タイトルCrystallographic Structure of Xanthorhodopsin, a Light-Driven Ion Pump with Dual Chromophore
要素Xanthorhodopsin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / rhodopsin / carotenoid / ion pump / light-harvesting / antenna / retinal
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / RETINAL / Salinixanthin / Unknown ligand / Xanthorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Salinibacter ruber (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stagno, J. / Luecke, H. / Schobert, B. / Lanyi, J.K. / Imasheva, E.S. / Wang, J.M. / Balashov, S.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Crystallographic structure of xanthorhodopsin, the light-driven proton pump with a dual chromophore.
著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Stagno, J. / Imasheva, E.S. / Wang, J.M. / Balashov, S.P. / Lanyi, J.K.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年6月8日Group: Atomic model
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthorhodopsin
B: Xanthorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,18429
ポリマ－60,2102
非ポリマー3,97427
水1,11762
1
A: Xanthorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,35911
ポリマ－30,1051
非ポリマー1,25410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xanthorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,82518
ポリマ－30,1051
非ポリマー2,72017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.740, 59.490, 59.720
Angle α, β, γ (deg.)76.35, 74.93, 64.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xanthorhodopsin


分子量: 30105.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salinibacter ruber (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2S2F8

-
非ポリマー , 6種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-SXN / Salinixanthin / (3'E)-2'-hydroxy-4-oxo-3',4'-didehydro-1',2'-dihydro-beta,psi-caroten-1'-yl 6-O-(13-methyltetradecanoyl)-alpha-L-idopyranoside


分子量: 969.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H92O9
#3: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 21 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 化合物 ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE HETERO GROUPS UNL 402-409 CHAIN A AND UNL 402-414 CHAIN B ARE CARBON CHAINS THAT REPRESENT ...THE HETERO GROUPS UNL 402-409 CHAIN A AND UNL 402-414 CHAIN B ARE CARBON CHAINS THAT REPRESENT FATTY ACID CHAINS OF PHOSPHOLIPIDS INTERACTING WITH THE PROTEIN. AS THE ELECTRON DENSITY WAS NOT CLEAR ENOUGH TO SUPPORT THE ENTIRE PHOSPHOLIPID IN EACH CASE, THE ACTUAL IDENTITY OF EACH UNL HETERO GROUP IS UNKNOWN. ELECTRON DENSITY WAS NOT CLEAR ENOUGH TO DETERMINE WHETHER THE FATTY ACID CHAIN IS UNSATURATED. THEREFORE, ALL C-C BONDS FOR PCW HETERO GROUP WERE REFINED AS SINGLE BONDS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5mg/ml xanthorhodopsin in 30mM phosphate pH 5.6, 1mM Na azide was solubilized in 1/3 volume of 16.7% dimyristoyl phoshatidylcholine in 20% nonyl maltoside. Crystals grew in 2.5-3M Na ...詳細: 5mg/ml xanthorhodopsin in 30mM phosphate pH 5.6, 1mM Na azide was solubilized in 1/3 volume of 16.7% dimyristoyl phoshatidylcholine in 20% nonyl maltoside. Crystals grew in 2.5-3M Na phosphate, pH 5.6, 2.5 mM Na azide after 3-4 months, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.1 Å / Num. obs: 46289 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 1260
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.973.530.4851.51501242151.3585.5
1.97-2.053.570.3632.21685846711.394.9
2.05-2.143.580.2872.61696147011.2195
2.14-2.253.580.2153.81670746311.1995.6
2.25-2.393.570.155.11714247681.0495.1
2.39-2.583.590.1116.51690146820.9496.2
2.58-2.843.620.0779.31721047360.8295.8
2.84-3.253.630.05712.71713746950.7495.7
3.25-4.093.630.04817.11694446390.6994.4
4.09-45.13.680.03721.91694845510.792.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9→45.1 Å / FOM work R set: 0.712 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 2333 4.7 %
Rwork0.247 --
obs-46278 94.1 %
溶媒の処理Bsol: 97.153 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.933 Å23.302 Å2-16.013 Å2
2---0.766 Å2-6.765 Å2
3----16.167 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3925 0 430 62 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.349
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9732
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8592.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dmp.pardmp.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4lip.parlip.top
X-RAY DIFFRACTION5sxn.parsxn.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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