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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ddl | ||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of Xanthorhodopsin, a Light-Driven Ion Pump with Dual Chromophore | ||||||
要素 | Xanthorhodopsin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / rhodopsin / carotenoid / ion pump / light-harvesting / antenna / retinal | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-activated monoatomic ion channel activity / : / phototransduction / membrane => GO:0016020 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salinibacter ruber (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Stagno, J. / Luecke, H. / Schobert, B. / Lanyi, J.K. / Imasheva, E.S. / Wang, J.M. / Balashov, S.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: Crystallographic structure of xanthorhodopsin, the light-driven proton pump with a dual chromophore. 著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Stagno, J. / Imasheva, E.S. / Wang, J.M. / Balashov, S.P. / Lanyi, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ddl.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ddl.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ddl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ddl_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ddl_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3ddl_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ddl_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 30105.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salinibacter ruber (バクテリア) / 参照: UniProt: Q2S2F8 |
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-非ポリマー , 6種, 89分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PX4 / | #6: 化合物 | ChemComp-PCW / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE HETERO GROUPS UNL 402-409 CHAIN A AND UNL 402-414 CHAIN B ARE CARBON CHAINS THAT REPRESENT ...THE HETERO GROUPS UNL 402-409 CHAIN A AND UNL 402-414 CHAIN B ARE CARBON CHAINS THAT REPRESENT FATTY ACID CHAINS OF PHOSPHOLIP |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5mg/ml xanthorhodopsin in 30mM phosphate pH 5.6, 1mM Na azide was solubilized in 1/3 volume of 16.7% dimyristoyl phoshatidylcholine in 20% nonyl maltoside. Crystals grew in 2.5-3M Na ...詳細: 5mg/ml xanthorhodopsin in 30mM phosphate pH 5.6, 1mM Na azide was solubilized in 1/3 volume of 16.7% dimyristoyl phoshatidylcholine in 20% nonyl maltoside. Crystals grew in 2.5-3M Na phosphate, pH 5.6, 2.5 mM Na azide after 3-4 months, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→45.1 Å / Num. obs: 46289 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.4 / Scaling rejects: 1260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→45.1 Å / FOM work R set: 0.712 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 97.153 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.446 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.1 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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