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- PDB-3dcd: X-ray structure of the galactose mutarotase related enzyme Q5FKD7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dcd
タイトルX-ray structure of the galactose mutarotase related enzyme Q5FKD7 from Lactobacillus acidophilus at the resolution 1.9A. Northeast Structural Genomics consortium target LaR33.
要素Galactose mutarotase related enzyme
キーワードstructural genomics / unknown function / Q5FKD7 LaR33 NESG X-RAY / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Protein LacX / Aldose 1-/Glucose-6-phosphate 1-epimerase / Aldose 1-epimerase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactose mutarotase related enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Mao, L. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Mao, L. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of the galactose mutarotase related enzyme Q5FKD7 from Lactobacillus acidophilus at the resolution 1.9A. Northeast Structural Genomics consortium target LaR33. (CASP Target)
著者: Kuzin, A.P. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Mao, L. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose mutarotase related enzyme
B: Galactose mutarotase related enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3522
ポリマ－72,3522
非ポリマー00
水8,773487
1
A: Galactose mutarotase related enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1761
ポリマ－36,1761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Galactose mutarotase related enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1761
ポリマ－36,1761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.270, 88.270, 139.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galactose mutarotase related enzyme


分子量: 36175.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q5FKD7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M KNO3, 0.1M Tris HCl, 24% PEG8K, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 99285 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.454 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20607 2590 5.1 %RANDOM
Rwork0.17792 ---
obs0.17936 47985 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.783 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4918 0 0 487 5405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9266877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8435602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26224.695279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88415844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5311524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.22206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23433
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.53093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18124852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35532288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.384.52023
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 158 -
Rwork0.173 2924 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.378 Å / Origin y: 42.066 Å / Origin z: 77.5764 Å
111213212223313233
T-0.0754 Å2-0.0045 Å2-0.0072 Å2--0.0737 Å2-0.0329 Å2---0.0401 Å2
L0.3341 °20.0766 °2-0.1627 °2-0.3557 °2-0.2685 °2--1.0323 °2
S0.0033 Å °-0.0213 Å °0.0803 Å °0.0257 Å °0.0029 Å °0.0666 Å °-0.0607 Å °0.0146 Å °-0.0062 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B308 - 550
2X-RAY DIFFRACTION1A308 - 551
3X-RAY DIFFRACTION1B1 - 300
4X-RAY DIFFRACTION1A1 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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