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- PDB-3dbd: Crystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbd
タイトルCrystal structure of an activated (Thr->Asp) Polo-like kinase 1 (Plk1) catalytic domain in complex with Compound 094
要素Polo-like kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Polo-like kinase 1 / Plk1 / catalytic domain / small-molecule inhibitor / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Polo-like kinase mediated events / Phosphorylation of Emi1 / Condensation of Prophase Chromosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Mitotic Telophase/Cytokinesis / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint ...Polo-like kinase mediated events / Phosphorylation of Emi1 / Condensation of Prophase Chromosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Mitotic Telophase/Cytokinesis / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / polo kinase / mitotic spindle organization / kinetochore / spindle pole / retina development in camera-type eye / mitotic cell cycle / phosphorylation / cell division / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FR / Serine/threonine-protein kinase PLK
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Elling, R.A. / Barr, K.J. / Romanowski, M.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Design and synthesis of 2-amino-pyrazolopyridines as Polo-like kinase 1 inhibitors.
著者: Fucini, R.V. / Hanan, E.J. / Romanowski, M.J. / Elling, R.A. / Lew, W. / Barr, K.J. / Zhu, J. / Yoburn, J.C. / Liu, Y. / Fahr, B.T. / Fan, J. / Lu, Y. / Pham, P. / Choong, I.C. / ...著者: Fucini, R.V. / Hanan, E.J. / Romanowski, M.J. / Elling, R.A. / Lew, W. / Barr, K.J. / Zhu, J. / Yoburn, J.C. / Liu, Y. / Fahr, B.T. / Fan, J. / Lu, Y. / Pham, P. / Choong, I.C. / VanderPorten, E.C. / Bui, M. / Purkey, H.E. / Evanchik, M.J. / Yang, W.
履歴
登録2008年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polo-like kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4752
ポリマ－35,9931
非ポリマー4821
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.267, 135.267, 135.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Polo-like kinase 1


分子量: 35992.953 Da / 分子数: 1 / 断片: Plk1 kinase domain / 変異: T196D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: plk1 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star Codon+ / 参照: UniProt: Q4KMI8, polo kinase
#2: 化合物 ChemComp-3FR / 3'-chloro-5'-(3-methyl-6-{[(1S)-1-phenylethyl]amino}-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-1-yl)biphenyl-2-carboxamide / 3'-chloro-5'-[3-methyl-6-(1-phenyl-ethylamino)-pyrazolo[4,3-c]pyridin-1-yl]-biphenyl-2-carboxylic acid amide


分子量: 481.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24ClN5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K); protein at 7 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl and 3 mM DTT; crystallization condition: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, ...詳細: hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K); protein at 7 mg/ml in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl and 3 mM DTT; crystallization condition: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, and 25% PEG 3350; cryoprotectant: 15% ethylene glycol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日
放射モノクロメーター: Side-scattering cube root I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs. Crystal type: Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 7979 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3d5w

3d5w


解像度: 3.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 22.309 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.472 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27565 778 9.8 %RANDOM
Rwork0.24969 ---
obs0.25233 7201 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 35 2 2118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0051.9952935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8755259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06722.79693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06515378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.1321517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.021631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1580.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.21504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0670.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7282.51339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32152120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.242.5948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4345815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.157 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 76 -
Rwork0.337 700 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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