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- PDB-3db0: Crystal structure of Putative Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3db0
タイトルCrystal structure of Putative Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (NP_472219.1) from LISTERIA INNOCUA at 2.00 A resolution
要素Lin2891 protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / NP_472219.1 / Putative Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性: / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / Lin2891 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (NP_472219.1) from LISTERIA INNOCUA at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lin2891 protein
B: Lin2891 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2082
ポリマ－29,2082
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Lin2891 protein
B: Lin2891 protein

A: Lin2891 protein
B: Lin2891 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4164
ポリマ－58,4164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5500 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
2
A: Lin2891 protein
B: Lin2891 protein

A: Lin2891 protein
B: Lin2891 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4164
ポリマ－58,4164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.160, 42.230, 62.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 474 - 47
21BB4 - 474 - 47
32AA64 - 9464 - 94
42BB64 - 9464 - 94
53AA111 - 126111 - 126
63BB111 - 126111 - 126
詳細AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF AN DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. THE DIMER IS CONSISTENT AN ANALYSIS OF CRYSTAL PACKING AND A SIMILAR DIMER IS PREDICTED TO BE A STABLE FOR SEVERAL HOMOLOGS.

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要素

#1: タンパク質 Lin2891 protein


分子量: 14604.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: lin2891 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q926Z8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT INCLUDES AMINO ACIDS 1-127 OF THE FULL LENGTH PROTEIN CONSISTING OF 139 RESIDUES AND ...THE CONSTRUCT INCLUDES AMINO ACIDS 1-127 OF THE FULL LENGTH PROTEIN CONSISTING OF 139 RESIDUES AND WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.57
詳細: 40.9% 1,2-propanediol, 0.1M sodium acetate pH 4.57, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97956,0.97908
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979561
30.979081
反射解像度: 2→26.055 Å / Num. obs: 16307 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.246 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8.88
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.070.4591.854902885192.9
2.07-2.150.3792.358693059198.7
2.15-2.250.2732.962073211198.9
2.25-2.370.2313.561443185199.2
2.37-2.520.1764.561563185199
2.52-2.710.1455.759833086199
2.71-2.990.0878.762643228198.9
2.99-3.420.05213.660593109198.5
3.42-4.30.03320.460603098198.3
4.3-26.060.02525.161273130197.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→26.055 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.466 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.175
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 828 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 16307 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-1.27 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1863 0 0 109 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.9622630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00533094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9785242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05125.11984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32615316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.793157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.94231213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7253485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19351967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5788716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.19411663
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1104 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.510.5
MEDIUM THERMAL1.692
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 61 -
Rwork0.205 1100 -
all-1161 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5534-0.61750.18291.6881-0.00420.9667-0.00790.0117-0.1494-0.00570.0678-0.03930.14950.1567-0.0599-0.00250.0402-0.01810.0422-0.03590.003516.972810.190813.2338
20.8808-0.53790.26320.77750.58271.63680.0223-0.0049-0.01750.0139-0.01850.02650.023-0.0816-0.0037-0.061-0.00020.003-0.09370.0103-0.0652-2.919222.954318.0694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1262 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1275 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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