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- PDB-3day: Crystal structure of human acyl-CoA synthetase medium-chain famil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3day
タイトルCrystal structure of human acyl-CoA synthetase medium-chain family member 2A (L64P mutation) in complex with AMP-CPP
要素Acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A, mitochondrial precursor
キーワードLIGASE / MIDDLE-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE / XENOBIOTIC/MEDIUM-CHAIN FATTY ACID-COA LIGASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / ATP-BINDING / FATTY ACID METABOLISM / LIPID METABOLISM / MAGNESIUM / METAL-BINDING / MITOCHONDRION / NUCLEOTIDE-BINDING POLYMORPHISM / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


decanoate-CoA ligase activity / Conjugation of salicylate with glycine / medium-chain acyl-CoA ligase / fatty acid ligase activity / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty-acyl-CoA synthase activity ...decanoate-CoA ligase activity / Conjugation of salicylate with glycine / medium-chain acyl-CoA ligase / fatty acid ligase activity / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty-acyl-CoA synthase activity / triglyceride homeostasis / Aspirin ADME / fatty acid biosynthetic process / glucose homeostasis / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase ...: / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / Acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pilka, E.S. / Kochan, G.T. / Yue, W.W. / Bhatia, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Wikstrom, M. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural snapshots for the conformation-dependent catalysis by human medium-chain acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A.
著者: Kochan, G. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,20920
ポリマ－63,3351
非ポリマー87419
水13,745763
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.508, 97.835, 120.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A, mitochondrial precursor / Acyl-CoA synthetase medium-chain family member 2A / Middle-chain acyl-CoA synthetase 2A / Butyrate- ...Acyl-CoA synthetase medium-chain family member 2A / Middle-chain acyl-CoA synthetase 2A / Butyrate-CoA ligase 2A / Butyryl coenzyme A synthetase 2A


分子量: 63334.562 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 32-577 / 変異: L64P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACSM2A, ACSM2, MACS2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q08AH3, medium-chain acyl-CoA ligase

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非ポリマー , 7種, 782分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.20M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月17日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→32.72 Å / Num. all: 48550 / Num. obs: 45963 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6604 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C5E

3c5e


解像度: 1.95→31.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.675 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ADDITIONAL DENSITY IN THE ACTIVE SITE, PROBABLY UNIDENTIFIED ENDOGENOUS SUBSTRATE, WAS MODELLED AS A SET OF UNKNOWN (UNX) ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22033 2441 5 %RANDOM
Rwork0.16095 ---
all0.16398 45963 --
obs0.16398 45963 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 61 763 4974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.975986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98937308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3125558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69524.426183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53215754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1911523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.04832711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.03131097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.21654395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.74771680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.845111580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 184 -
Rwork0.219 3127 -
obs--92.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.9408 Å / Origin y: -9.3816 Å / Origin z: -17.9111 Å
111213212223313233
T-0.0389 Å20.0128 Å20.0105 Å2--0.036 Å20.0164 Å2---0.0331 Å2
L0.3795 °20.1067 °2-0.0029 °2-0.4883 °2-0.058 °2--0.2554 °2
S0.0049 Å °-0.0046 Å °-0.017 Å °0.005 Å °-0.0106 Å °-0.0366 Å °-0.0239 Å °-0.0041 Å °0.0057 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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