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- PDB-3dax: Crystal structure of human CYP7A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dax
タイトルCrystal structure of human CYP7A1
要素Cytochrome P450 7A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / cholesterol / cholesterol 7-alpha hydroxylase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cholesterol metabolism / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Lipid metabolism / Membrane / Metal-binding / Microsome / Monooxygenase / NADP / Polymorphism / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase activity / negative regulation of collagen biosynthetic process / cellular response to cholesterol / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process ...cholesterol 7alpha-monooxygenase / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase / cholesterol 7-alpha-monooxygenase activity / 24-hydroxycholesterol 7alpha-hydroxylase activity / negative regulation of collagen biosynthetic process / cellular response to cholesterol / sterol metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / bile acid biosynthetic process / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cholesterol catabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / cholesterol homeostasis / cellular response to glucose stimulus / PPARA activates gene expression / response to ethanol / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 7A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 分子置換 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Dombrovski, L. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. ...Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Dombrovski, L. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human CYP7A1
著者: Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Dombrovski, L. / Dong, A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: phasing / struct_site
Item: _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 7A1
B: Cytochrome P450 7A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1736
ポリマ－112,9402
非ポリマー1,2334
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area38870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.339, 80.159, 84.937
Angle α, β, γ (deg.)64.360, 75.230, 72.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Authors state that the biological assembly is not known.

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 7A1 / Cholesterol 7-alpha-monooxygenase / CYPVII / Cholesterol 7-alpha-hydroxylase


分子量: 56469.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP7A1, CYP7 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P22680, EC: 1.14.13.17
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
1358.3
2358.3
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG400, 0.1M potassium chloride, 0.1M trisodium citrate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.9686
2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 65596 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.183.10.40248180.97868.2
2.18-2.263.30.31456381.02378.7
2.26-2.373.40.27662731.01287.8
2.37-2.493.60.2568391.06295.2
2.49-2.653.80.19469481.04697.6
2.65-2.853.90.14569891.07498
2.85-3.143.90.08969891.12398.3
3.14-3.593.90.05370251.21598.5
3.59-4.523.90.03570601.44698.7
4.52-403.80.02970171.6198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換, 分子置換
開始モデル: pdb entry 2iag

2iag


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 5.221 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2018 3.201 %thin shells (sftools)
Rwork0.189 ---
obs0.19 63038 93.449 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.061 Å2-0.162 Å2-0.007 Å2
2--0.081 Å20.19 Å2
3----0.081 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7519 0 88 130 7737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.99310633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.877312872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9695964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13123.704351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.595151314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1851542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.25138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.23776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23968
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0980.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.52624951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.61521901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.60637628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43223364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.39332988
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20600.253645502272.581
2.206-2.26600.2273804478779.465
2.266-2.3310.283970.2363673472686.119
2.331-2.40200.2264214462491.133
2.402-2.480.2953630.2273813438195.321
2.48-2.56700.2194194430897.354
2.567-2.66300.2134050414497.732
2.663-2.7710.2992900.2143655402398.061
2.771-2.89300.2093701377298.118
2.893-3.0330.2622750.2013319366498.09
3.033-3.19500.1923425347798.504
3.195-3.3860.222260.1873031330898.458
3.386-3.61700.1733013306098.464
3.617-3.9020.1891590.1652703289798.792
3.902-4.26700.1512638267698.58
4.267-4.7590.1531240.1452217237398.651
4.759-5.4720.183860.162011215297.444
5.472-6.6470.284480.2061743181098.95
6.647-9.1780.219230.1851393142099.718
9.178-300.175270.20277883396.639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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