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万見
- PDB-3dad: Crystal structure of the N-terminal regulatory domains of the for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dad
タイトルCrystal structure of the N-terminal regulatory domains of the formin FHOD1
要素FH1/FH2 domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Formin / FHOD1 / GTPase-binding domain / ubiquitin-superfold / armadillo repeats / Actin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Cytoskeleton / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of centrosome localization / bleb / regulation of stress fiber assembly / nuclear migration / cortical actin cytoskeleton organization / intercalated disc / positive regulation of stress fiber assembly / : / actin filament binding / cytoskeleton ...establishment of centrosome localization / bleb / regulation of stress fiber assembly / nuclear migration / cortical actin cytoskeleton organization / intercalated disc / positive regulation of stress fiber assembly / : / actin filament binding / cytoskeleton / protein domain specific binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FHOD1, N-terminal GTPase-binding domain / Formin N-terminal GTPase-binding domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant ...FHOD1, N-terminal GTPase-binding domain / Formin N-terminal GTPase-binding domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FH1/FH2 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schulte, A. / Stolp, B. / Schonichen, A. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Fackler, O.T. / Geyer, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The Human Formin FHOD1 Contains a Bipartite Structure of FH3 and GTPase-Binding Domains Required for Activation.
著者: Schulte, A. / Stolp, B. / Schonichen, A. / Pylypenko, O. / Rak, A. / Fackler, O.T. / Geyer, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun
年: 2007
タイトル: Purification, crystallization and preliminary structural characterization of the N-terminal region of the human formin-homology protein FHOD1.
著者: Schulte, A. / Rak, A. / Pylypenko, O. / Ludwig, D. / Geyer, M.
履歴
登録2008年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FH1/FH2 domain-containing protein 1
B: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5472
ポリマ－74,5472
非ポリマー00
水4,288238
1
A: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2731
ポリマ－37,2731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FH1/FH2 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2731
ポリマ－37,2731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.444, 73.931, 78.674
Angle α, β, γ (deg.)78.24, 86.17, 89.67
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 FH1/FH2 domain-containing protein 1 / Formin homolog overexpressed in spleen 1 / FHOS / Formin homology 2 domain-containing protein 1


分子量: 37273.266 Da / 分子数: 2 / 断片: GBD and FH3 domain / 変異: C31S, C71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FHOD1, FHOS, FHOS1 / プラスミド: pProEx-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9Y613
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.687 Å / Num. all: 32912 / Num. obs: 32912

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2.3→19.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 --random
Rwork0.219 ---
all-34699 --
obs-32912 94.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4834 0 0 238 5072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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