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万見
- PDB-3d90: Crystal structure of the human progesterone receptor ligand-bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d90
タイトルCrystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel
要素Progesterone receptor
キーワードTRANSCRIPTION / progesterone receptor / steroid receptor / nuclear receptor / transcription factor / women health / contraception / Alternative splicing / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / lung alveolus development / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / lung alveolus development / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NOG / Progesterone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Petit-Topin, I. / Turque, N. / Ulman, A. / Gainer, E. / Rafestin-Oblin, M.E. / Fagart, J.
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2009
タイトル: Met909 plays a key role in the activation of the progesterone receptor and also in the high potency of 13-ethyl progestins
著者: Petit-Topin, I. / Turque, N. / Fagart, J. / Fay, M. / Ulmann, A. / Gainer, E. / Rafestin-Oblin, M.E.
履歴
登録2008年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone receptor
B: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1034
ポリマ－59,4782
非ポリマー6252
水6,341352
1
A: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0512
ポリマ－29,7391
非ポリマー3121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0512
ポリマ－29,7391
非ポリマー3121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.870, 65.310, 70.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Progesterone receptor / PR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 3


分子量: 29738.824 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand-binding domain, UNP residues 676-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: UV20HL21-27 / 遺伝子: PGR, NR3C3 / プラスミド: PGEXHPRLBD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON PLUS (DE3) RIL / 参照: UniProt: P06401
#2: 化合物 ChemComp-NOG / 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE / NORGESTREL / レボノルゲストレル


分子量: 312.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979738 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: mirror 1, double crystal, mirror 2
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→47.83 Å / Num. all: 25142 / Num. obs: 20345 / % possible obs: 80.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.76 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.11
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 939 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Xnemoデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SQN

1sqn


解像度: 2.26→47.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1591596.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1058 5.2 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 20345 80.9 %-
all-25142 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.6464 Å2 / ksol: 0.354893 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.34 Å20 Å21.22 Å2
2---9.62 Å20 Å2
3----16.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3967 0 46 352 4365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1058 5.1 %
Rwork0.23 2864 -
obs-20345 80.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2levo.paramlevo.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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