PDB-3d8y: RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-piperidinothymidine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8y

タイトル

RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-piperidinothymidine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / RIBONUCLEASE / LIGAND BINDING / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation
著者: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2008年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8y.cif.gz	67.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8y.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6oC 3d6pC 3d6qC 3d7bC 3d8zC 2g8qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1z6s-1 3dxh-1 3ql2-1 4g8v-1 6pvw-1 1rnn-d 2w5l-2 1o0o-1 6xhd-2 6xhc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (9)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.161, 32.421, 72.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease A / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-T3S / 5'-deoxy-5'-piperidin-1-ylthymidine 分子量: 309.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₃O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→30 Å / Num. all: 25226 / Num. obs: 24530 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.5 Å² / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1218 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2G8Q

2g8q

解像度: 1.72→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 4.603 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2296	1258	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18926	-	-	-
obs	0.19137	23272	97.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	0.17 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.124 Å	0.129 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1901	0	48	213	2162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.204	1.95	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.862	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.195	25.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.593	15	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.506	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.553	1.5	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.948	2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.572	3	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.498	4.5	690

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	90	-
R_work	0.229	1539	-
obs	-	-	88.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5009	-0.4859	-0.4321	3.6343	0.5066	7.9714	0.1793	0.1058	0.2624	-0.0357	-0.0126	-0.2608	-0.6591	0.0724	-0.1667	0.0563	-0.0023	0.05	0.0332	0.0498	0.0048	30.8912	9.0038	9.677
2	36.4039	-29.4277	-30.1112	33.037	35.0505	37.3076	-1.4557	2.6373	-2.2651	1.8524	-0.7638	2.3247	1.404	-2.664	2.2195	0.1207	0.1401	0.2133	0.4099	0.0186	0.058	24.676	-4.4083	-1.7844
3	3.6531	-0.911	-2.6074	1.205	0.6325	3.6997	0.1747	0.373	0.1864	-0.2197	0.0573	-0.1382	-0.1493	-0.1318	-0.232	0.022	-0.0108	0.0139	0.0653	0.037	-0.006	32.0782	2.1574	5.1426
4	7.839	0.7881	1.4775	3.2824	-0.4597	3.5072	-0.1087	-0.0862	-0.0731	0.1549	0.1084	-0.1139	0.0043	-0.2821	0.0003	0.0396	-0.0054	-0.0003	0.0165	0.0101	0.0175	28.3211	-1.7148	24.1818
5	12.219	1.595	-6.8811	0.6802	-1.0595	7.3804	-0.354	0.3652	-0.4671	-0.172	0.1759	-0.2898	0.7304	0.1587	0.1781	0.0376	-0.0145	0.0294	0.0315	-0.0641	-0.0125	38.2631	-4.9017	1.6439
6	3.9349	1.8504	-5.7609	6.2769	3.2301	14.9584	-0.3067	0.4053	-0.5797	-0.4994	-0.018	-0.0636	0.6364	-0.6369	0.3248	0.0198	-0.0916	-0.0152	0.0441	-0.0294	-0.0508	25.8308	-8.8961	10.0774
7	2.7751	-0.5878	-0.8904	6.4276	0.4287	2.9978	-0.0414	0.0158	0.1277	-0.109	0.148	-0.0292	-0.072	-0.2145	-0.1065	0.0216	-0.0012	-0.0095	0.027	0.0166	0.0306	29.3384	3.8836	19.2891
8	5.6191	1.6836	3.26	2.8902	1.0017	9.6574	-0.1259	0.5582	-0.7439	0.0818	0.3629	-0.1777	0.8365	0.4059	-0.237	0.0188	-0.0113	0.0221	0.0287	-0.0547	0.022	16.427	-7.5853	30.647
9	5.7675	0.2958	1.0722	1.2949	0.72	0.5448	-0.4762	1.0033	1.0351	-0.5041	0.1222	-0.0452	-0.3943	0.271	0.354	0.0827	-0.1295	-0.0758	0.0928	0.1728	0.0119	10.0138	6.7533	22.9552
10	14.1904	1.0203	4.2596	8.7934	3.8893	3.5255	-0.1776	1.2401	-0.6352	-0.6201	0.0621	-0.0186	-0.0938	0.2988	0.1155	-0.0242	-0.0902	0.0388	0.2213	-0.0477	-0.151	9.449	-5.4996	19.7119
11	2.2914	0.1956	0.5941	0.9188	0.9611	1.0728	-0.113	-0.005	0.0185	-0.0551	0.0407	0.0675	-0.0285	-0.0231	0.0723	0.0226	-0.0125	-0.0016	-0.0109	0.009	0.0687	10.2914	0.1803	38.3077
12	1.1365	0.7486	-0.0431	1.9684	0.9916	0.7068	-0.2324	0.0411	0.2569	-0.2544	0.0427	0.1618	-0.22	-0.0879	0.1897	0.0342	-0.0131	-0.0615	-0.031	0.0162	0.0636	8.4894	6.9381	37.7501
13	3.2904	0.644	1.3543	2.3192	1.8429	4.5709	-0.3187	0.4896	0.0828	-0.4292	-0.002	0.191	-0.3254	0.0695	0.3207	0.1006	-0.0222	-0.0317	0.1117	0.0078	0.0469	-0.2166	-0.6189	20.3413
14	3.0394	-0.1113	0.9038	2.3769	-0.0312	2.7257	-0.0629	0.0537	-0.1011	-0.1153	-0.0033	0.1639	0.0326	-0.0368	0.0662	0.0286	-0.0228	0.0034	-0.0016	0.0115	0.0465	11.5847	-1.4926	39.8662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 15	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	16 - 23	16 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	24 - 58	24 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	59 - 77	59 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	78 - 99	78 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	100 - 106	100 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	107 - 124	107 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1 - 11	1 - 11
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	12 - 27	12 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	28 - 39	28 - 39
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	40 - 72	40 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	73 - 84	73 - 84
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	85 - 103	85 - 103
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	104 - 124	104 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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