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- PDB-3d8u: The crystal structure of a PurR family transcriptional regulator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d8u
タイトルThe crystal structure of a PurR family transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
要素PurR transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / APC91343.1 / PurR / transcriptional regulator / Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a PurR family transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
著者: Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PurR transcriptional regulator
B: PurR transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0462
ポリマ－61,0462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.264, 126.264, 83.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細authors state that the biological assembly is experimentally unknown. The chains A and B are predicted to form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 PurR transcriptional regulator


分子量: 30523.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA0232 / プラスミド: pMCSG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87JL7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M sodium citrate 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97959
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月30日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979591
反射解像度: 2.88→41.3 Å / Num. all: 17527 / Num. obs: 17527 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 993 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.88→41.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 32.729 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.345 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28278 891 5.1 %RANDOM
Rwork0.21369 ---
all0.21703 16601 --
obs0.21703 16601 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→41.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 0 0 3930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9535437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.66723.836159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.72615622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2921518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.22029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.52685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95224165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64431446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6164.51271
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.879→2.954 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 53 -
Rwork0.26 1054 -
obs-1107 86.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4026-0.14071.80621.0588-2.08514.3852-0.7859-0.10350.9516-0.23861.0512-0.6778-0.76580.1363-0.26530.2094-0.13520.09570.3447-0.33090.482765.10578.85326.333
29.19620.3191.75383.6923-1.35333.4444-0.2336-1.7464-0.0339-0.01170.3237-0.1207-0.2219-0.4877-0.0901-0.56970.05250.02610.2080.0231-0.3770.01549.40728.647
37.42071.12141.88826.5793.43254.9849-0.72330.64881.5124-0.18170.46180.7536-0.98650.0580.26150.1722-0.1525-0.03290.35550.37660.333643.16176.43418.775
46.6177-1.34942.29134.9941-0.89153.6184-0.2010.74150.13180.12870.12860.2988-0.0385-0.01330.0723-0.5916-0.02450.0503-0.08650.0148-0.414339.48249.13729.047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA71 - 1694 - 102
2X-RAY DIFFRACTION1AA302 - 321235 - 254
3X-RAY DIFFRACTION2AA170 - 301103 - 234
4X-RAY DIFFRACTION2AA328 - 340261 - 273
5X-RAY DIFFRACTION3BB71 - 1694 - 102
6X-RAY DIFFRACTION3BB302 - 324235 - 257
7X-RAY DIFFRACTION4BB170 - 301103 - 234
8X-RAY DIFFRACTION4BB326 - 342259 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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