PDB-3d8u: The crystal structure of a PurR family transcriptional regulator ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8u

タイトル

The crystal structure of a PurR family transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

要素

PurR transcriptional regulator

キーワード

transcription regulator / APC91343.1 /

PurR (喉鳴らし) /

transcriptional regulator / Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 /

structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding /

Transcription (転写 (生物学)) /

Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a PurR family transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
著者: Tan, K. / Hatzos, C. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8u.cif.gz	105.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8u.ent.gz	86.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3c3k-d 1sxi-6 4rk1-2 1sxi-5 1sxi-2 3jvd-d 1sxi-4 3o75-d 4rkr-2 3o74-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC91343.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PurR transcriptional regulator

B: PurR transcriptional regulator

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.264, 126.264, 83.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

authors state that the biological assembly is experimentally unknown. The chains A and B are predicted to form a dimer.

#1: タンパク質	PurR transcriptional regulator 分子量: 30523.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VPA0232 / プラスミド: pMCSG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87JL7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0M sodium citrate 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97959

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月30日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	0.97959	1

反射

解像度: 2.88→41.3 Å / Num. all: 17527 / Num. obs: 17527 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 30.2

反射シェル

解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.822 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 993 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.88→41.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 32.729 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.345 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28278	891	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21369	-	-	-
all	0.21703	16601	-	-
obs	0.21703	16601	98.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	-0.14 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→41.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3930	0	0	0	3930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.953	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.059	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.667	23.836	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.726	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.292	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.312	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.304	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.524	1.5	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.952	2	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.644	3	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.616	4.5	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.879→2.954 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	53	-
R_work	0.26	1054	-
obs	-	1107	86.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4026	-0.1407	1.8062	1.0588	-2.0851	4.3852	-0.7859	-0.1035	0.9516	-0.2386	1.0512	-0.6778	-0.7658	0.1363	-0.2653	0.2094	-0.1352	0.0957	0.3447	-0.3309	0.4827	65.105	78.853	26.333
2	9.1962	0.319	1.7538	3.6923	-1.3533	3.4444	-0.2336	-1.7464	-0.0339	-0.0117	0.3237	-0.1207	-0.2219	-0.4877	-0.0901	-0.5697	0.0525	0.0261	0.208	0.0231	-0.37	70.015	49.407	28.647
3	7.4207	1.1214	1.8882	6.579	3.4325	4.9849	-0.7233	0.6488	1.5124	-0.1817	0.4618	0.7536	-0.9865	0.058	0.2615	0.1722	-0.1525	-0.0329	0.3555	0.3766	0.3336	43.161	76.434	18.775
4	6.6177	-1.3494	2.2913	4.9941	-0.8915	3.6184	-0.201	0.7415	0.1318	0.1287	0.1286	0.2988	-0.0385	-0.0133	0.0723	-0.5916	-0.0245	0.0503	-0.0865	0.0148	-0.4143	39.482	49.137	29.047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	71 - 169	4 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	302 - 321	235 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	170 - 301	103 - 234
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	328 - 340	261 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	71 - 169	4 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	302 - 324	235 - 257
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	170 - 301	103 - 234
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	326 - 342	259 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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