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万見
- PDB-3d8m: Crystal structure of a chimeric receptor binding protein from lac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d8m
タイトルCrystal structure of a chimeric receptor binding protein from lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2
要素Baseplate protein, Receptor binding protein
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN / lactococcal phage p2 / lactococcal phage TP901-1 / receptor binding protein / VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2190 / Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / : / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain ...Helix Hairpins - #2190 / Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain / : / Lactococcus phage p2, Receptor binding protein, neck domain / : / Lactophage receptor-binding protein N-terminal shoulder domain / Receptor-binding protein of phage tail base-plate Siphoviridae, head / Lactophage receptor-binding protein C-terminal head domain / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor binding protein / BPP
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
Lactococcus phage p2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Siponen, M.I. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a chimeric receptor binding protein constructed from two lactococcal phages
著者: Siponen, M. / Spinelli, S. / Blangy, S. / Moineau, S. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
履歴
登録2008年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate protein, Receptor binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8721
ポリマ－17,8721
非ポリマー00
水00
1
A: Baseplate protein, Receptor binding protein

A: Baseplate protein, Receptor binding protein

A: Baseplate protein, Receptor binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6163
ポリマ－53,6163
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area12860 Å2
ΔGint-55.4 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.833, 85.833, 85.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Baseplate protein, Receptor binding protein / BPP


分子量: 17872.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-62, UNP residues 162-264 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ), (組換発現) Lactococcus phage p2 (ウイルス)
株: TP901-1, p2 / 遺伝子: ORF49, ORF18 / プラスミド: pDEST17 O/I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41pLysRos / 参照: UniProt: Q9G096, UniProt: Q1RNF7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, 12% MPEG2000, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→85.75 Å / Num. all: 3206 / Num. obs: 3206 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rsym value: 0.245 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 450 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BSD, 2F0C

2bsd

2f0c


解像度: 3.35→60.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.785 / SU B: 60.213 / SU ML: 0.425 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.623 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27437 450 14.1 %RANDOM
Rwork0.22108 ---
all0.22853 2744 --
obs0.22853 2744 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.928 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.623 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→60.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 0 0 1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.9231578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4695148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1725.19252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.88915186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.051155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6241.5744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78421185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1773470
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9144.5393
LS精密化 シェル解像度: 3.351→3.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 31 -
Rwork0.269 205 -
obs-31 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.888 Å / Origin y: 36.729 Å / Origin z: -3.791 Å
111213212223313233
T-0.1863 Å20.075 Å2-0.0317 Å2--0.1187 Å2-0.0119 Å2---0.1103 Å2
L1.1549 °21.852 °2-1.088 °2-4.7404 °2-2.8078 °2--2.4384 °2
S-0.0168 Å °0.0771 Å °-0.0967 Å °-0.0099 Å °-0.1375 Å °-0.2171 Å °0.1507 Å °0.0924 Å °0.1543 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA17 - 4017 - 40
2X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 10841 - 108
3X-RAY DIFFRACTION1AA109 - 165109 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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