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- PDB-3d7v: Crystal structure of Mcl-1 in complex with an Mcl-1 selective BH3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d7v
タイトルCrystal structure of Mcl-1 in complex with an Mcl-1 selective BH3 ligand
要素
  • Bcl-2-like protein 11
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / helical bundle / amphipathic helix / Alternative splicing / Cytoplasm / Developmental protein / Differentiation / Membrane / Mitochondrion / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...dynorphin receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / neuropeptide binding / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neuropeptide signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-type opioid receptor / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Lee, E.F. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2008
タイトル: A novel BH3 ligand that selectively targets Mcl-1 reveals that apoptosis can proceed without Mcl-1 degradation.
著者: Lee, E.F. / Czabotar, P.E. / van Delft, M.F. / Michalak, E.M. / Boyle, M.J. / Willis, S.N. / Puthalakath, H. / Bouillet, P. / Colman, P.M. / Huang, D.C.S. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6466
ポリマ－21,3842
非ポリマー2624
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area8800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.171, 69.635, 120.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-384-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 1 / 断片: Bcl-2 like domain, Myeloid Cell Leukemia 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION PROTEIN CONSISTS OF THE N-TERMINAL EXPRESSION TAGS (GPLGS), RESIDUES 171-208 (UNIPROT RESIDUES 152-189) FROM INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG (MOUSE) ...詳細: FUSION PROTEIN CONSISTS OF THE N-TERMINAL EXPRESSION TAGS (GPLGS), RESIDUES 171-208 (UNIPROT RESIDUES 152-189) FROM INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG (MOUSE) AND RESIDUES 209-327 FROM INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 (HUMAN)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: MCL1 / プラスミド: pGEX6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3156.515 Da / 分子数: 1 / 断片: Bim BH3 / Mutation: L62A, F69A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FUSION PROTEIN CONSISTS OF THE N-TERMINAL EXPRESSION TAGS (GPLGS), RESIDUES 171-208 (UNIPROT ...FUSION PROTEIN CONSISTS OF THE N-TERMINAL EXPRESSION TAGS (GPLGS), RESIDUES 171-208 (UNIPROT RESIDUES 152-189) FROM INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG (MOUSE) AND RESIDUES 209-327 FROM INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 (HUMAN)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 0.2M Zinc Acetate, 0.2M Imidazole, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月24日 / 詳細: Capillary optics (AXCO)
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→60.3 Å / Num. obs: 13365 / % possible obs: 98.71 % / Observed criterion σ(I): 5.6 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1357 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NL9

2nl9


解像度: 2.03→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.474 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24108 710 5 %RANDOM
Rwork0.19201 ---
obs0.19441 13365 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1357 0 4 120 1481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1941.9331849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2095164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35822.7473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07415248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1311517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0890.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3620.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9671.5856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62421317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3633602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6584.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.034→2.086 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 49 -
Rwork0.214 965 -
obs-1014 98.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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