PDB-3d7q: Crystal structure of a xisi-like protein (npun_ar114) from nostoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d7q

タイトル

Crystal structure of a xisi-like protein (npun_ar114) from nostoc punctiforme pcc 73102 at 2.30 A resolution

要素

XisI protein-like

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

XisI-like / XisI protein / XisI-like superfamily / XisI protein / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / FdxN element excision controlling factor protein

機能・相同性情報

生物種

Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Site-specific recombination of nitrogen-fixation genes in cyanobacteria by XisF-XisH-XisI complex: Structures and models.
著者: Hwang, W.C. / Golden, J.W. / Pascual, J. / Xu, D. / Cheltsov, A. / Godzik, A.

履歴

登録	2008年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.4	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.5	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.6	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d7q.cif.gz	57.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d7q.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d7q_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d7q_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	3d7q_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	3d7q_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2inbC 2nlvC 2nvmC 2nwvC 2okfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qkl-d 3mhe-d 5nxk-1 5ita-1 4u05-d 4bid-1 1kqj-d 3uoj-2 7atj-d 5c9c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 368193

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XisI protein-like

B: XisI protein-like

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: XisI protein-like

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: XisI protein-like

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.846, 79.846, 74.256
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	LEU	A	A	2 - 19	3 - 20
2	1	ASP	LEU	B	B	2 - 19	3 - 20
1	2	GLY	GLU	A	A	26 - 111	27 - 112
2	2	GLY	GLU	B	B	26 - 111	27 - 112

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	XisI protein-like 分子量: 13478.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア) 遺伝子: ZP_00106052.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B2JAN5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.15M lithium sulfate, 26.0% polyethylene glycol 4000, 0.1M TRIS pH 9.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97937,0.97854

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97937	1
3	0.97854	1

反射

解像度: 2.3→28.228 Å / Num. obs: 11187 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 46.112 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.36	7.2	0.766	1	5800	806	0.766	100
2.36-2.42	7.2	0.608	1.3	5672	787	0.608	100
2.42-2.49	7.2	0.515	1.5	5505	765	0.515	100
2.49-2.57	7.2	0.433	1.8	5322	742	0.433	100
2.57-2.66	7.2	0.331	2.3	5263	729	0.331	100
2.66-2.75	7.2	0.271	2.8	5001	699	0.271	100
2.75-2.85	7.2	0.208	3.7	4833	675	0.208	100
2.85-2.97	7.2	0.167	4.5	4731	660	0.167	100
2.97-3.1	7.2	0.142	5.4	4420	617	0.142	100
3.1-3.25	7.1	0.114	6.3	4286	604	0.114	100
3.25-3.43	7.1	0.094	7.2	4114	578	0.094	100
3.43-3.64	7	0.076	8.7	3907	555	0.076	100
3.64-3.89	7	0.058	10.7	3600	512	0.058	100
3.89-4.2	7	0.051	11.9	3439	493	0.051	100
4.2-4.6	6.9	0.049	11.7	3044	439	0.049	100
4.6-5.14	6.8	0.047	12.4	2847	418	0.047	100
5.14-5.94	6.7	0.058	10.3	2460	368	0.058	100
5.94-7.27	6.4	0.066	9.2	2101	328	0.066	100
7.27-10.29	6.2	0.049	11.1	1587	258	0.049	100
10.29-28.23	5.2	0.047	11.6	794	154	0.047	95

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.228 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 16.459 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.258
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	531	4.8 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	11148	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1807	0	0	55	1862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.934	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.01	3	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.735	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	47.086	25.545	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.216	15	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.645	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.299	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.913	3	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.493	3	461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.825	5	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.269	8	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.866	11	729

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	102	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	162	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
1	102	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
1	162	LOOSE THERMAL	2.59	10
2	484	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
2	613	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
2	484	TIGHT THERMAL	0.23	0.5
2	613	LOOSE THERMAL	2.41	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	42	-
R_work	0.275	762	-
all	-	804	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6005	0.4272	0.3538	4.3916	0.1745	2.221	-0.163	0.1068	0.2979	-0.2019	0.0943	0.0093	-0.2931	0.0272	0.0687	-0.0789	0.0918	0.0091	-0.0815	0.0157	-0.1681	-9.481	23.1318	14.4154
2	2.3533	2.1711	-1.0889	4.5498	-1.6199	2.0721	-0.1094	0.0627	-0.2238	-0.6253	0.0233	-0.0297	0.4786	-0.0179	0.0862	-0.0041	0.0813	0.0082	-0.1232	-0.0144	-0.2023	-2.5965	-10.1776	13.4448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 111	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 111	1 - 112

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)