PDB-3d7b: The Ribonuclease A- 5'-Deoxy-5'-N-pyrrolidinouridine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d7b

タイトル

The Ribonuclease A- 5'-Deoxy-5'-N-pyrrolidinouridine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease A / ligand / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation.
著者: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2008年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d7b.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d7b.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d7b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d7b_validation.pdf.gz	789.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d7b_full_validation.pdf.gz	794.2 KB	表示
XML形式データ	3d7b_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	3d7b_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d7b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6oC 3d6pC 3d6qC 3d8yC 3d8zC 2g8qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d6o-1 1o0h-2 2g8r-1 1o0f-1 4g90-1 3jw1-2 2qca-d 3ql2-1 6pvu-2 4j6a-d 2g8q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (10) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (10)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.959, 32.540, 72.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-U4S / 1-(5-deoxy-5-pyrrolidin-1-yl-alpha-L-arabinofuranosyl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 分子量: 297.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₃O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 31418 / Num. obs: 30196 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.174 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY: 2G8Q

2g8q

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.88 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2133	1519	5 %	RANDOM
R_work	0.17868	-	-	-
obs	0.18041	28676	96.22 %	-
all	-	31418	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.1 Å	0.101 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	47	346	2295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.951	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.757	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.003	25.169	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.903	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.107	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.479	1.5	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.808	2	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.354	3	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.214	4.5	685
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.639 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	105	-
R_work	0.213	2062	-
obs	-	-	93.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2363	-0.2955	0.2381	3.1131	0.5183	7.126	0.1832	0.2702	-0.0779	-0.224	-0.0276	-0.0835	-0.1554	-0.1291	-0.1556	0.0885	0.0148	0.0275	0.0782	0.0402	0.0198	28.9442	5.8612	6.9621
2	1.2456	-0.0224	-0.2646	0.6582	0.0209	1.9312	0.0251	0.199	-0.0067	-0.0823	0.0516	-0.1014	-0.0582	-0.0748	-0.0767	0.0367	-0.005	0.0056	0.0464	0.006	0.0417	30.523	0.5017	11.4167
3	9.1095	1.0866	-4.5419	0.3529	-0.9585	3.775	-0.236	0.1428	-0.3859	-0.136	0.0918	-0.232	0.4232	0.1447	0.1441	0.0399	-0.0146	0.0344	0.0356	-0.0659	0.0325	38.8614	-4.7361	1.2183
4	1.8822	0.5309	-0.1247	2.517	0.586	2.2527	-0.0309	0.1174	-0.0446	-0.1138	0.0735	-0.0405	0.0409	-0.2176	-0.0425	0.0449	-0.0085	-0.0055	0.0531	0.017	0.0386	28.4799	0.2141	16.604
5	4.902	0.0224	0.4451	1.984	0.5191	5.0908	-0.0751	0.3302	-0.0529	0.0098	0.1946	-0.0771	0.0177	0.1842	-0.1196	0.0215	-0.0194	0.0036	0.0756	-0.0159	0.0244	16.0988	-3.4937	29.6479
6	7.166	-1.6594	1.2704	6.3901	1.4569	2.5041	-0.3056	0.7755	0.1635	-0.6253	0.1698	0.0946	-0.3298	0.1845	0.1358	0.0913	-0.0828	-0.0287	0.1576	0.0442	-0.069	8.8809	-0.2244	19.7025
7	1.2995	0.2172	0.5538	0.8021	0.8198	0.9996	-0.0897	0.1228	-0.0172	-0.1339	0.0064	0.0989	-0.0777	-0.029	0.0833	0.0398	-0.0133	-0.0137	0.0133	0.0024	0.0649	7.0671	1.0194	32.764
8	2.8182	-0.8513	0.6019	2.2597	-0.2672	2.2533	-0.0452	0.0684	-0.0603	-0.0802	-0.0101	0.1639	-0.0156	-0.0246	0.0553	0.0534	-0.0146	-0.0088	0.0219	0	0.0564	11.2267	-0.1423	39.4306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 22	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	23 - 78	23 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	79 - 99	79 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	100 - 124	100 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 17	1 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	18 - 39	18 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	40 - 101	40 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	102 - 124	102 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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