PDB-3d77: Crystal structure of a pheromone binding protein mutant D35N, fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d77

タイトル

Crystal structure of a pheromone binding protein mutant D35N, from Apis mellifera, soaked at pH 4.0

要素

Pheromone-binding protein ASP1

キーワード

Pheromone binding protein / Honey bee / Apis mellifera / signal transduction / queen mandibular protein / pH

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Queen bee pheromone binding protein pH-induced domain swapping favors pheromone release
著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Campanacci, V. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2008年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d77.cif.gz	67.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d77.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/3d77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cyzC 3cz0C 3cz1C 3cz2C 3d73C 3d74C 3d75SC 3d76C 3d78C 2h8v 3bfa 3bfb 3bfh 3bjh 3cab 3cdn C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3s2x-1 6lyw-1 2p2e-d 1ypr-1 3h1e-d 3gwg-d 6cuk-d 1ux8-d 3h1f-d 1ooi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pheromone-binding protein ASP1

ヘテロ分子

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.215, 83.999, 47.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-128- HOH
2	1	A-134- HOH
3	1	A-147- HOH
4	1	A-154- HOH

#1: タンパク質	Pheromone-binding protein ASP1 分子量: 13193.804 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 変異: D35N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NBB / N-BUTYL-BENZENESULFONAMIDE / N-ブチルベンゼンスルホンアミド分子量: 213.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1.3M ammonium sulfate, 67mM sodium citrate, 33mM SPG buffer, 8.3% PEG1500, pH5.5, crystal was soaked in the same condition at pH4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日 / 詳細: Tiroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→57.64 Å / Num. all: 17650 / Num. obs: 17650 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2545 / R_sym value: 0.349 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3D75

3d75

解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.339 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19131	1044	5.9 %	RANDOM
R_work	0.16133	-	-	-
all	0.16309	16595	-	-
obs	0.16309	16595	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.086 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	39	115	1101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.211	2.001	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.918	3.007	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.982	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.677	26.809	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.449	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.465	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.269	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.394	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.258	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.284	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.346	1.5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.635	1.5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.086	2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.086	3	409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.928	4.5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.941	3	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.75	3	120
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.807	3	1668

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	85	-
R_work	0.162	1206	-
obs	-	1204	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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