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万見
- PDB-3d69: Crystal Structure of the Fab Fragment of an Anti-Factor IX Antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d69
タイトルCrystal Structure of the Fab Fragment of an Anti-Factor IX Antibody 10C12
要素(anti-factor IX antibody, 10C12) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / anticoagulant / 10C12 / Factor IX / Gla domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Shi, X.L. / Huang, M.D. / Zeng, T.
引用ジャーナル: CHIN.J.STRUCT.CHEM. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Fab Fragment of an anti-Factor IX antibody 10C12
著者: Shi, X.L. / Huang, M.D. / Zeng, T.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-factor IX antibody, 10C12
H: anti-factor IX antibody, 10C12
A: anti-factor IX antibody, 10C12
B: anti-factor IX antibody, 10C12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5024
ポリマ－93,5024
非ポリマー00
水00
1
A: anti-factor IX antibody, 10C12
B: anti-factor IX antibody, 10C12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7512
ポリマ－46,7512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
L: anti-factor IX antibody, 10C12
H: anti-factor IX antibody, 10C12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7512
ポリマ－46,7512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-20.5 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.609, 159.609, 65.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: 抗体 anti-factor IX antibody, 10C12


分子量: 22950.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 anti-factor IX antibody, 10C12


分子量: 23800.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN CHAIN L AND A, RESIDUE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN CHAIN L AND A, RESIDUE NUMBER 10 IS SIMPLY SKIPPED. AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN SEQUENCE IS IDENTICAL WITH 1NL0(PDB CODE). THE MISSING OF L10 IS DUE TO KABAT-WU NUMBERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 3.0M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 2%MPD, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.77→50 Å / Num. all: 17166 / Num. obs: 13950 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rsym value: 0.009 / Net I/σ(I): 141.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NL0

1nl0


解像度: 3.77→41.26 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: thoughout
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.342 --random
Rwork0.249 ---
all-17166 --
obs-13950 82.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.77→41.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6420 0 0 0 6420
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 3.77→3.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.009
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 13950 -
Rwork0.249 --
obs-17166 82.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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