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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d69 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Fab Fragment of an Anti-Factor IX Antibody 10C12 | ||||||
要素 | (anti-factor IX antibody, 10C12) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / anticoagulant / 10C12 / Factor IX / Gla domain | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.77 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, X.L. / Huang, M.D. / Zeng, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: CHIN.J.STRUCT.CHEM. / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of Fab Fragment of an anti-Factor IX antibody 10C12 著者: Shi, X.L. / Huang, M.D. / Zeng, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d69.cif.gz | 162.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d69.ent.gz | 129.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3d69_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3d69_full_validation.pdf.gz | 514.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3d69_validation.xml.gz | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3d69_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d69 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 22950.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 23800.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 配列の詳細 | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN CHAIN L AND A, RESIDUE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. IN CHAIN L AND A, RESIDUE NUMBER 10 IS SIMPLY SKIPPED. AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN SEQUENCE IS IDENTICAL WITH 1NL0(PDB CODE). THE MISSING OF L10 IS DUE TO KABAT-WU NUMBERING. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 3.0M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, 2%MPD, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2004年9月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.77→50 Å / Num. all: 17166 / Num. obs: 13950 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rsym value: 0.009 / Net I/σ(I): 141.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NL0 解像度: 3.77→41.26 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: thoughout
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原子変位パラメータ | Biso mean: 87.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.77→41.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.77→3.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.009
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