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万見
- PDB-3d4u: Bovine thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d4u
タイトルBovine thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa) in complex with tick-derived carboxypeptidase inhibitor.
要素(Carboxypeptidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease-inhibitor complex / Carboxypeptidase / Glycoprotein / Hydrolase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Zymogen / Blood coagulation / Fibrinolysis / Metalloenzyme inhibitor / Metalloprotease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Complement cascade / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase U / acquisition of nutrients from host / metalloendopeptidase inhibitor activity / enzyme inhibitor activity / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / blood coagulation / toxin activity ...Regulation of Complement cascade / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase U / acquisition of nutrients from host / metalloendopeptidase inhibitor activity / enzyme inhibitor activity / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / blood coagulation / toxin activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase inhibitor, N-terminal domain / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Carboxypeptidase B2 / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide ...Carboxypeptidase inhibitor, N-terminal domain / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Carboxypeptidase B2 / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Peptidase family M14 domain profile. / Zn_pept / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Single Sheet / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Carboxypeptidase B2 / Carboxypeptidase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Rhipicephalus bursa (ダニ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sanglas, L. / Valnickova, Z. / Arolas, J.L. / Pallares, I. / Guevara, T. / Sola, M. / Kristensen, T. / Enghild, J.J. / Aviles, F.X. / Gomis-Ruth, F.X.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structure of activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor, a molecular link between coagulation and fibrinolysis.
著者: Sanglas, L. / Valnickova, Z. / Arolas, J.L. / Pallares, I. / Guevara, T. / Sola, M. / Kristensen, T. / Enghild, J.J. / Aviles, F.X. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Human procarboxypeptidase B: three-dimensional structure and implications for thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFI)
著者: Barbosa Pereira, P.J. / Oliva, B. / Ferrer-Orta, C. / Coll, M. / Vendrell, J.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B2
B: Carboxypeptidase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,50110
ポリマ－43,8372
非ポリマー6648
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.200, 84.200, 127.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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Carboxypeptidase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B2 / TAFIa


分子量: 36029.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: blood / 参照: UniProt: Q2KIG3, carboxypeptidase U
#2: タンパク質 Carboxypeptidase inhibitor / Tick carboxypeptidase inhibitor / TCI


分子量: 7806.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus bursa (ダニ) / プラスミド: pBAT-4-OmpA-TCI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: Q5EPH2

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非ポリマー , 4種, 366分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NaAcO, 10% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日
詳細: horizontally diffracting Si (111) monochromator and Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry as the focusing system.
放射モノクロメーター: Horizontally diffracting Si (111) monochromator and Pt coated mirrors in a Kirkpatrick-Baez (KB) geometry as the focusing system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.1 Å / Num. all: 62124 / Num. obs: 57962 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 8032 / Rsym value: 0.611 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZLI

1zli


解像度: 1.7→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 3.053 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17071 695 1.2 %RANDOM
Rwork0.15588 ---
all0.15606 62124 --
obs0.15606 57265 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.858 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 34 358 3360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9524192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.79623.239142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47315534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7321518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.961.51906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46222961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30231424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6634.51231
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 55 -
Rwork0.223 3795 -
obs--90.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93470.09530.01260.68230.04550.8980.0145-0.1059-0.02210.13-0.0453-0.0370.04320.0280.0308-0.0677-0.0025-0.0035-0.0862-0.0026-0.077815.004222.880182.6778
23.6941.41130.08912.50631.01611.12210.0957-0.35120.17060.2874-0.09470.241-0.0322-0.0625-0.001-0.04020.03010.0461-0.026-0.0455-0.0711-2.334534.437993.4675
30.96910.0249-0.13381.01920.02471.06520.0162-0.11030.02520.1248-0.05410.01040.0077-0.00890.0379-0.0406-0.00150.0024-0.0391-0.0062-0.04269.017425.37883.7947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 54
2X-RAY DIFFRACTION1A59 - 92
3X-RAY DIFFRACTION1A98 - 308
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 74
5X-RAY DIFFRACTION3A601 - 607
6X-RAY DIFFRACTION3A2357 - 2635
7X-RAY DIFFRACTION3B514 - 859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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