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万見
- PDB-3d3k: Crystal structure of human Edc3p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3k
タイトルCrystal structure of human Edc3p
要素Enhancer of mRNA-decapping protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / hEdc3 / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / P-body assembly / P-body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Linker region of enhancer of mRNA-decapping protein 3 / Lsm16, N-terminal / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF ...Linker region of enhancer of mRNA-decapping protein 3 / Lsm16, N-terminal / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF N-terminal domain profile. / : / Sm domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of mRNA-decapping protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ling, S.H.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of human Edc3 and its functional implications
著者: Ling, S.H.M. / Decker, C.J. / Walsh, M.A. / She, M. / Parker, R. / Song, H.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of mRNA-decapping protein 3
B: Enhancer of mRNA-decapping protein 3
C: Enhancer of mRNA-decapping protein 3
D: Enhancer of mRNA-decapping protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3494
ポリマ－114,3494
非ポリマー00
水6,269348
1
A: Enhancer of mRNA-decapping protein 3
B: Enhancer of mRNA-decapping protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1742
ポリマ－57,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
C: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

C: Enhancer of mRNA-decapping protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1742
ポリマ－57,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3750 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
3
D: Enhancer of mRNA-decapping protein 3

D: Enhancer of mRNA-decapping protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1742
ポリマ－57,1742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area3720 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.377, 169.204, 163.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 258 - 506 / Label seq-ID: 9 - 257

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2DD

-
要素

#1: タンパク質
Enhancer of mRNA-decapping protein 3 / YjeF domain-containing protein 1 / LSM16 homolog


分子量: 28587.133 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal, UNP residues 250-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDC3 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96F86
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 66636 / Num. obs: 63120
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.267 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2558 3376 5.1 %RANDOM
Rwork0.22767 ---
obs0.22909 63120 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7208 0 0 348 7556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.97810036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50924.11292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.739151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0681536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.23263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.24957
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.54845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9727552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22332910
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9614.52484
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1796 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.320.5
medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 252 -
Rwork0.253 4556 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45441.1078-0.36491.948-0.3860.7524-0.0407-0.1311-0.1706-0.0150.0172-0.20430.05370.23410.0235-0.0691-0.00390.00750.02180.0025-0.03813.775639.474467.3719
21.18760.92030.1481.43650.38870.6325-0.0058-0.02780.1063-0.0419-0.01760.1461-0.0057-0.08280.0234-0.0583-0.0175-0.0097-0.02810.0117-0.0272-13.770742.403167.387
30.97430.1275-0.87740.4759-0.56552.1458-0.04380.05750.0274-0.0279-0.00220.06650.1203-0.0960.0461-0.0857-0.01470.0117-0.0469-0.01370.005933.349668.960241.4316
41.18130.17030.93190.63040.57882.2445-0.04970.08010.0041-0.02580.0154-0.0613-0.1380.09280.0343-0.0996-0.0147-0.01-0.05590.0080.0006-33.363412.948241.4171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA258 - 2649 - 15
2X-RAY DIFFRACTION1AA268 - 32319 - 74
3X-RAY DIFFRACTION1AA333 - 44784 - 198
4X-RAY DIFFRACTION1AA453 - 507204 - 258
5X-RAY DIFFRACTION2BB258 - 2649 - 15
6X-RAY DIFFRACTION2BB268 - 32319 - 74
7X-RAY DIFFRACTION2BB333 - 44784 - 198
8X-RAY DIFFRACTION2BB453 - 507204 - 258
9X-RAY DIFFRACTION3CC258 - 2649 - 15
10X-RAY DIFFRACTION3CC268 - 32319 - 74
11X-RAY DIFFRACTION3CC333 - 44784 - 198
12X-RAY DIFFRACTION3CC453 - 507204 - 258
13X-RAY DIFFRACTION4DD258 - 2649 - 15
14X-RAY DIFFRACTION4DD268 - 32319 - 74
15X-RAY DIFFRACTION4DD333 - 44784 - 198
16X-RAY DIFFRACTION4DD453 - 507204 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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