PDB-3d3c: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d3c

タイトル

Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex.

要素

30S ribosomal protein S10
N utilization substance protein B

キーワード

TRANSCRIPTION / NusB / S10 / NusE / Nut / phage lambda / lambda N antitermination / rrn antitermination / transcription regulation / RNA-binding / Transcription termination / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Luo, X. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex.
著者: Luo, X. / Hsiao, H.H. / Bubunenko, M. / Weber, G. / Court, D.L. / Gottesman, M.E. / Urlaub, H. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2008年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d3c.cif.gz	141.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d3c.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d3c_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d3c_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	3d3c_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	3d3c_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/3d3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d3bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lln-d 5v39-d 3a27-d 5lv1-3 6o98-2 3imq-2 6ae8-1 6xfv-2 6s4t-d 4q00-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N utilization substance protein B

J: 30S ribosomal protein S10

B: N utilization substance protein B

K: 30S ribosomal protein S10

C: N utilization substance protein B

L: 30S ribosomal protein S10

76.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N utilization substance protein B

J: 30S ribosomal protein S10

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N utilization substance protein B

K: 30S ribosomal protein S10

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: N utilization substance protein B

L: 30S ribosomal protein S10

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.000, 113.000, 267.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-165- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	J
2	2	K
3	2	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	A	A	2 - 139	4 - 141
2	1	GLU	GLU	LYS	LYS	B	C	2 - 139	4 - 141
3	1	GLU	GLU	LYS	LYS	C	E	2 - 139	4 - 141
1	2	MET	MET	GLY	GLY	J	B	1 - 82	6 - 87
2	2	MET	MET	GLY	GLY	K	D	1 - 82	6 - 87
3	2	MET	MET	GLY	GLY	L	F	1 - 82	6 - 87

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	N utilization substance protein B / Protein nusB 分子量: 15838.095 Da / 分子数: 3 / 変異: K2E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nusB, ssyB, b0416, JW0406 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A780
#2: タンパク質	30S ribosomal protein S10 分子量: 9652.153 Da / 分子数: 3 / 変異: A86D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A7R5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 46-67 OF CHAINS J,K,L ARE REPLACED WITH A SINGLE SER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.1, 0.2 M ammonium sulfate, 25 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年9月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 39315 / Num. obs: 26358 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.141 / R_sym value: 0.141 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / R_sym value: 0.314 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 3D3B

3d3b

解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 22.962 / SU ML: 0.252 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.78 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27988	1317	5 %	RANDOM
R_work	0.21766	-	-	-
obs	0.22078	25020	100 %	-
all	-	38823	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5308	0	0	197	5505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	5382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.09	1.986	7279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.4	5	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.774	23.571	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.177	15	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.478	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.343	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.284	1.5	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.513	2	5411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.449	3	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.8	4.5	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1079	medium positional	0.85	0.5
1	2	B	1079	medium positional	0.72	0.5
1	3	C	1079	medium positional	0.85	0.5
2	1	J	647	medium positional	0.89	0.5
2	2	K	647	medium positional	1.01	0.5
2	3	L	647	medium positional	0.94	0.5
1	1	A	1079	medium thermal	1.37	2
1	2	B	1079	medium thermal	2.43	2
1	3	C	1079	medium thermal	2.63	2
2	1	J	647	medium thermal	0.95	2
2	2	K	647	medium thermal	2.47	2
2	3	L	647	medium thermal	2.61	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	96	-
R_work	0.295	1825	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5412	-1.9442	0.1942	4.8988	-0.0984	3.3434	0.0171	0.389	-0.2403	-0.2379	-0.0067	-0.6776	0.3089	0.4417	-0.0104	-0.1108	0.0247	0.0912	-0.2223	-0.0733	0.0769	10.433	26.142	16.957
2	4.4367	-2.3858	1.4428	4.8674	-0.3595	2.231	0.1795	-0.0095	-0.2942	-0.167	0.0478	-0.0276	0.211	-0.1372	-0.2272	-0.1232	-0.0476	-0.0282	-0.2456	-0.0217	-0.2005	-27.38	14.554	21.706
3	6.8139	-2.977	0.0907	5.2983	-0.0712	2.0421	-0.2784	-0.3204	0.4247	0.3407	0.2151	0.6373	-0.071	-0.6451	0.0633	-0.1	0.1076	0.071	0.1649	-0.0224	0.025	-61.47	38.974	16.982
4	6.7595	-1.3905	-2.4019	5.1138	1.2812	3.0725	-0.0532	0.1249	0.3714	-0.109	0.0514	-0.2022	-0.165	0.0867	0.0018	-0.0977	-0.0346	-0.0295	-0.2889	-0.0102	0.111	4.301	46.145	28.346
5	4.2332	0.3874	-0.5094	5.4745	0.1998	4.4958	0.0684	0.1949	0.149	-0.2043	-0.0523	0.1679	-0.1796	-0.2771	-0.0162	-0.0866	0.0096	-0.0169	-0.1835	0.0091	-0.2113	-22.776	37.3	15.481
6	5.6457	-4.8702	-0.9333	6.6236	2.0279	5.9473	0.1435	0.2615	-0.1907	-0.4091	-0.3258	0.3452	-0.2672	-0.4089	0.1823	-0.1129	0.0305	-0.0268	0.0174	-0.0211	-0.0274	-53.67	27.885	-3.07

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 139	4 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	C	2 - 139	4 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	E	2 - 139	4 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	J	B	-2 - 82	3 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	K	D	-4 - 82	1 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	F	-4 - 82	1 - 87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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