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- PDB-3d2o: Crystal Structure of Manganese-metallated GTP Cyclohydrolase Type IB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2o
タイトルCrystal Structure of Manganese-metallated GTP Cyclohydrolase Type IB
要素UPF0343 protein NGO0387
キーワードHYDROLASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN / bimodular Tunnel Fold / Tunneling Fold / Folate Biosynthesis / GTP Cyclohydrolase / metalloenzyme / manganese
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase FolE2/MptA / GTP cyclohydrolase FolE2 / Type I GTP cyclohydrolase folE2 / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / : / GTP cyclohydrolase FolE2
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Swairjo, M.A.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Zinc-independent folate biosynthesis: genetic, biochemical, and structural investigations reveal new metal dependence for GTP cyclohydrolase IB
著者: Sankaran, B. / Bonnett, S.A. / Shah, K. / Gabriel, S. / Reddy, R. / Schimmel, P. / Rodionov, D.A. / de Crecy-Lagard, V. / Helmann, J.D. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Discovery of a New Prokaryotic Type I GTP Cyclohydrolase Family
著者: El Yacoubi, B. / Bonnett, S. / Anderson, J.A. / Swairjo, M.A. / Iwata-Reuyl, D. / de Crecy-Lagard, V.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0343 protein NGO0387
B: UPF0343 protein NGO0387
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7607
ポリマ－57,5662
非ポリマー1945
水4,702261
1
A: UPF0343 protein NGO0387
B: UPF0343 protein NGO0387
ヘテロ分子

A: UPF0343 protein NGO0387
B: UPF0343 protein NGO0387
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,52014
ポリマ－115,1314
非ポリマー38910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-126.4 kcal/mol
Surface area35190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.225, 100.420, 113.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-315-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UPF0343 protein NGO0387


分子量: 28782.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expression vector pET-30 Xa/LIC with Factor Xa-cleavable His6 tag
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: ngo0387 / プラスミド: pSAB-8-142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F9K6, GTP cyclohydrolase I

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非ポリマー , 5種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: (PEG 6000, 10-16%), LiCl (1-1.4 M), Tris (50 mM, pH 9.0) and Tris-Cl (50 mM, pH 7.0). Enzym sample prepared at 10 mg/mL in 50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 1 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: (PEG 6000, 10-16%), LiCl (1-1.4 M), Tris (50 mM, pH 9.0) and Tris-Cl (50 mM, pH 7.0). Enzym sample prepared at 10 mg/mL in 50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 1 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月7日
放射モノクロメーター: single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 33675 / Num. obs: 33675 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Num. unique all: 3314 / Χ2: 0.81 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D1T

3d1t
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.04→30.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.475 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1710 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.189 33647 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3829 0 7 261 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.9665285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9625485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18523.964169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60415695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3311523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022901
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22678
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1810.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.421.52522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18423954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2931570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4514.51331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.30234092
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.8423272
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.39133832
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.097 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 127 -
Rwork0.191 2251 -
all-2378 -
obs--98.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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