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- PDB-3d2c: Structure of 4D3, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2c
タイトルStructure of 4D3, a thermostable mutant of Bacillus subtilis lipase obtained through directed evolution
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase / stability / directed evolution / Lipid degradation / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Sankaranarayanan, R. / Kamal, M.Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Thermostable Bacillus subtilis lipases: in vitro evolution and structural insight
著者: Ahmad, S. / Kamal, M.Z. / Sankaranarayanan, R. / Rao, N.M.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
E: Lipase
F: Lipase
G: Lipase
H: Lipase
I: Lipase
J: Lipase
K: Lipase
L: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,18812
ポリマ－235,18812
非ポリマー00
水20,3571130
1
A: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5991
ポリマ－19,5991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
E: Lipase
F: Lipase
G: Lipase
H: Lipase
I: Lipase
J: Lipase
K: Lipase
L: Lipase

A: Lipase
B: Lipase
C: Lipase
D: Lipase
E: Lipase
F: Lipase
G: Lipase
H: Lipase
I: Lipase
J: Lipase
K: Lipase
L: Lipase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,37524
ポリマ－470,37524
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area33680 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area144270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.285, 198.042, 197.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 19598.959 Da / 分子数: 12
変異: A15S, F17S, A20E, N89Y, G111D, L114P, A132D, I157M, N166Y
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA, lip, BSU02700 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37957, triacylglycerol lipase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 % / Mosaicity: 0.465 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M succinic acid, 0.1M HEPES, 1%(w/v) polyethelene glycol monomethyl ether 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→25 Å / Num. obs: 133252 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.18-2.263.70.489125320.63693.6
2.26-2.353.90.486131610.65498.3
2.35-2.453.90.372132120.68698.4
2.45-2.583.90.284132570.71398.8
2.58-2.7540.214132810.74598.8
2.75-2.964.10.165133580.80499.3
2.96-3.254.30.116134520.95599.8
3.25-3.724.40.081135071.14399.7
3.72-4.694.50.053135481.1499.7
4.69-254.50.04139440.87100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→25 Å / FOM work R set: 0.834 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 6662 4.9 %
Rwork0.202 --
obs-133186 98.9 %
溶媒の処理Bsol: 53.06 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.006 Å20 Å20 Å2
2---2.085 Å20 Å2
3---1.079 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16380 0 0 1130 17510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.00531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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