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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d1o | ||||||
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タイトル | Structure of the PTP-Like Phytase Expressed by Selenomonas Ruminantium at an Ionic Strength of 300 mM | ||||||
![]() | Myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PTP / PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE / PHYTASE / P-LOOP / IONIC STRENGTH | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gruninger, R.J. / Selinger, L.B. / Mosimann, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Effect of ionic strength and oxidation on the P-loop conformation of the protein tyrosine phosphatase-like phytase, PhyAsr. 著者: Gruninger, R.J. / Brent Selinger, L. / Mosimann, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38987.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: phyA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 10% P8K, 250 MM NACL, 50 MM NA-ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 53330 / Num. obs: 52151 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.047 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3342 / Rsym value: 0.249 / Χ2: 1.073 / % possible all: 50.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2b4p 解像度: 2.1→50 Å / FOM work R set: 0.869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 46.322 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.453 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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