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- PDB-3d1i: Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1i
タイトルStructure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in a complex with nitrite
要素Eight-heme nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome C nitrite reductase / NRFA / Sulfite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium ion metabolic process / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / NITRITE ION / Chem-PG6 / Cytochrome c-552 / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Slutsky, A. / Tikhonova, T.V. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Bourenkov, G.P. / Popov, V.O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: High-resolution structural analysis of a novel octaheme cytochrome c nitrite reductase from the haloalkaliphilic bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens
著者: Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, A.N. / Bourenkov, G.P. / Lamzin, V.S. / Popov, V.O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of cytochrome c nitrite reductase from Thioalkalivibrio nitratireducens
著者: Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Bourenkov, G.P. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Popov, V.O.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Molecular and catalytic properties of a novel cytochrome c nitrite reductase from nitrate-reducing haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens
著者: Tikhonova, T.V. / Slutsky, A. / Antipov, A.N. / Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Sorokin, D.Y. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, V.O.
履歴
登録2008年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,87534
ポリマ－118,9832
非ポリマー11,89232
水20,3571130
1
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,625102
ポリマ－356,9486
非ポリマー35,67796
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area96180 Å2
ΔGint-1158.6 kcal/mol
Surface area94110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.412, 193.412, 193.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

NA

21B-529-

NA

31B-1908-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eight-heme nitrite reductase


分子量: 59491.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
株: ALEN 2 / 参照: UniProt: Q5F2I3, UniProt: L0DSL2*PLUS

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非ポリマー , 7種, 1162分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.73 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: The drop contained 5ml of enzyme solution (14.5mg/ml) in 0.005M Tris-borat buffer (PH8.7) and 5ml reservoir solution. The reservoir solution contained 27% PEG400, 0.18M sodium citrate in 0. ...詳細: The drop contained 5ml of enzyme solution (14.5mg/ml) in 0.005M Tris-borat buffer (PH8.7) and 5ml reservoir solution. The reservoir solution contained 27% PEG400, 0.18M sodium citrate in 0.09M Tris buffer (PH8.5), complex with nitrite ion was obtained by soaking crystal in reservoir solution with 100mM sodium nitrite by 30 minute, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.801
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→13 Å / Num. obs: 228600 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OT4

2ot4


解像度: 1.8→11.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.371 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16547 11051 5 %RANDOM
Rwork0.1485 ---
obs0.14936 208802 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.155 Å / Luzzati sigma a obs: 0.029 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→11.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8225 0 767 1130 10122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0219520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6412.14412990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.049314033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12751036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36723.704467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.419151400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0291567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0210627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.22329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.27209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.24696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.24548
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8411.55185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2711.52083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40828345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23834759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3684.54644
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 778 -
Rwork0.234 15352 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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