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- PDB-3lgq: Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lgq
タイトルStructure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in complex with sulfite (modified Tyr-303)
要素Eight-heme nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha protein / eight hemes c
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / SULFITE ION / Cytochrome c-552 / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Filimonenkov, A.A. / Tikhonova, T.V. / Lamzin, V.S. / Bourenkov, G.P. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Covalent modifications of the catalytic tyrosine in octahaem cytochrome c nitrite reductase and their effect on the enzyme activity.
著者: Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Tikhonova, T.V. / Tikhonov, A.V. / Safonova, T.N. / Boyko, K.M. / Dorovatovskii, P.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,84029
ポリマ－118,9832
非ポリマー10,85727
水20,5371140
1
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,51987
ポリマ－356,9486
非ポリマー32,57181
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area95230 Å2
ΔGint-1301 kcal/mol
Surface area96140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.690, 195.690, 195.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-530-

TRS

21A-530-

TRS

31B-531-

TRS

41B-531-

TRS

51A-564-

HOH

61A-565-

HOH

71A-593-

HOH

81A-1016-

HOH

91B-594-

HOH

101B-1082-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eight-heme nitrite reductase


分子量: 59491.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
株: ALEN 2 / 参照: UniProt: Q5F2I3, UniProt: L0DSL2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 1167分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION


分子量: 80.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.54 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution (2.5mcl): 10mg/ml TvNiR, 0.05M Tris hydrochloride (pH7.2). Reservoir solution (2.5mcl): 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 30% v/v 2-methyl-2,4- ...詳細: Protein solution (2.5mcl): 10mg/ml TvNiR, 0.05M Tris hydrochloride (pH7.2). Reservoir solution (2.5mcl): 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 30% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M sodium sulfite (pH6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射モノクロメーター: Si(111), horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.8 Å / Num. all: 228946 / Num. obs: 221170 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 17909 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GM6

3gm6


解像度: 1.8→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.435 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1675 11090 5 %RANDOM
Rwork0.15048 ---
obs0.15134 210080 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.163 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.167 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8232 0 742 1140 10114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0219501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.472.14512998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0951038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66923.833467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.065151405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7341565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0217457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6881.55198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2628372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00634303
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1124.54626
LS精密化 シェル解像度: 1.806→1.853 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 712 -
Rwork0.231 13463 -
obs--85.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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