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万見
- PDB-3d0t: Structure of the BNB domain of the Hsp70 cochaperone Bag2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0t
タイトルStructure of the BNB domain of the Hsp70 cochaperone Bag2
要素BAG family molecular chaperone regulator 2
キーワードCHAPERONE / 4-helix bundle / Coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein processing / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / protein metabolic process / protein folding chaperone complex / negative regulation of protein ubiquitination / heat shock protein binding / tau protein binding / protein-folding chaperone binding ...Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein processing / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / protein metabolic process / protein folding chaperone complex / negative regulation of protein ubiquitination / heat shock protein binding / tau protein binding / protein-folding chaperone binding / transmembrane transporter binding / protein stabilization / axon / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #890 / BAG family molecular chaperone regulator 2 / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Xu, Z. / Nix, J.C. / Devlin, K. / Misra, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of nucleotide exchange and client binding by the Hsp70 cochaperone Bag2.
著者: Xu, Z. / Page, R.C. / Gomes, M.M. / Kohli, E. / Nix, J.C. / Herr, A.B. / Patterson, C. / Misra, S.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG family molecular chaperone regulator 2
B: BAG family molecular chaperone regulator 2
C: BAG family molecular chaperone regulator 2
D: BAG family molecular chaperone regulator 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8044
ポリマ－38,8044
非ポリマー00
水95553
1
C: BAG family molecular chaperone regulator 2
D: BAG family molecular chaperone regulator 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4022
ポリマ－19,4022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
2
A: BAG family molecular chaperone regulator 2
B: BAG family molecular chaperone regulator 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4022
ポリマ－19,4022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.680, 104.680, 164.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
BAG family molecular chaperone regulator 2 / Bcl-2-associated athanogene 2 / BAG-2


分子量: 9701.124 Da / 分子数: 4 / 断片: Bag-like domain (UNP residues 107-189) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bag2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91YN9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 35% PEG 400, 0.1M Bis-Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.96410908, 0.99505962
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: beamline
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.964109081
20.995059621
Reflection冗長度: 17.5 % / Av σ(I) over netI: 8.7 / 数: 208914 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.33 / D res high: 2.4 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 11934 / % possible obs: 84.5
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.16301000.0642.90120.4120
4.15.1699.90.0791.7920.965
3.584.199.90.0981.4621.141
3.263.5899.90.1251.08319.935
3.023.2696.50.160.8471835
2.853.0286.20.1930.75116.630
2.72.8578.90.2390.61415.252
2.592.769.90.2520.55113.261
2.492.5958.20.2760.49411.837
2.42.4953.30.3290.4859.638
反射解像度: 2.55→52.34 Å / Num. all: 11539 / Num. obs: 11398 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.96 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 14.5 / Scaling rejects: 514
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 5.92 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. measured all: 6731 / Num. unique all: 1131 / Χ2: 1.17 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
d*TREKデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→39.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 453570.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 583 5.2 %RANDOM
Rwork0.253 ---
all-11549 --
obs-11295 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.615 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.28 Å22.82 Å20 Å2
2---6.28 Å20 Å2
3---12.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 0 53 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 60 5.4 %
Rwork0.266 1056 -
all-1116 -
obs-1112 98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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