PDB-3czh: Crystal structure of CYP2R1 in complex with vitamin D2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3czh

タイトル

Crystal structure of CYP2R1 in complex with vitamin D2

要素

Cytochrome P450 2R1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / vitamin d / vitamin s 25-hydroxylase / drug metabolism / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Disease mutation / Endoplasmic reticulum / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Microsome / Monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

vitamin D 25-hydroxylase / vitamin metabolic process / response to cesium ion / calcitriol biosynthetic process from calciol / D3 vitamins binding / Vitamins / Defective CYP27B1 causes VDDR1B / organic acid metabolic process / vitamin D3 25-hydroxylase activity / Vitamin D (calciferol) metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Gilep, A.A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CYP2R1 in complex with vitamin D2.
著者: Strushkevich, N.V. / Tempel, W. / Gilep, A.A. / Loppnau, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2008年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3czh.cif.gz	210.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3czh.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3czh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3czh_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3czh_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	3czh_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	3czh_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/3czh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/3czh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c6gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qu8-3 3dl9-1 5uap-1 6vlt-3 1og5-2 3qu8-1 3nbq-2 4txl-1 2qzo-d 3tmz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (7) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2R1

B: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 2R1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.361, 163.393, 152.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Cytochrome P450 2R1 / Vitamin D 25-hydroxylase

分子量: 55417.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2R1 / プラスミド: pCW / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q6VVX0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...

#2: 多糖

Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin

-
非ポリマー , 4種, 169分子

#3: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-D2V / (3S,5Z,7E,22E)-9,10-secoergosta-5,7,10,22-tetraen-3-ol / Vitamin D2 / Ergocalciferol / Deltalin / ビタミンD₂ 分子量: 396.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₄O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.2M Ammonium sulfate, 0.1M ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 73584 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Χ²: 1.811 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	4.8	0.636	3156	1.599	84.7
2.34-2.38	5.4	0.593	3389	1.612	90.5
2.38-2.43	5.9	0.577	3389	1.771	91.5
2.43-2.48	6.1	0.552	3514	1.632	93.4
2.48-2.53	6.2	0.499	3613	1.536	95.9
2.53-2.59	6.5	0.491	3623	1.464	97.4
2.59-2.66	6.8	0.456	3707	1.522	99.4
2.66-2.73	7.1	0.416	3755	1.438	99.9
2.73-2.81	7.3	0.368	3777	1.378	100
2.81-2.9	7.4	0.302	3705	1.423	100
2.9-3	7.4	0.242	3749	1.465	100
3-3.12	7.4	0.187	3784	1.54	100
3.12-3.26	7.4	0.146	3743	1.705	100
3.26-3.44	7.3	0.106	3789	1.845	99.9
3.44-3.65	7.3	0.083	3745	1.963	100
3.65-3.93	7.2	0.065	3795	2.172	100
3.93-4.33	7.1	0.055	3788	2.429	100
4.33-4.95	6.9	0.05	3810	2.808	100
4.95-6.24	6.7	0.048	3857	2.592	100
6.24-50	6.6	0.031	3896	2.074	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		データ削減
REFMAC	5.3.0037	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3C6G

3c6g

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.209 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 5.883 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2-HYDROXYPROPYL-BETA-CYCLODEXTRIN WAS ADDED TO THE PROTEIN SAMPLE. DUE TO LIMITED RESOLUTION OF THE ELECTRON DENSITY MAP AND LACK OF A ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	2215	3.019 %	thin shells
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.206	73363	96.673 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.344 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.376 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7444	0	405	144	7993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	2.046	11082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.056	3.001	13066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.381	5	930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.13	23.379	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.308	15	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.598	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	2	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.277	2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.337	3	7519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.228	2	3823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.817	3	3555

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.361		0	0.274	4220	5516	76.505
2.361-2.425		0	0.269	4920	5400	91.111
2.425-2.495	0.301	426	0.27	4455	5247	93.025
2.495-2.571		0	0.257	4885	5075	96.256
2.571-2.655		0	0.261	4916	4964	99.033
2.655-2.747	0.32	418	0.255	4351	4783	99.707
2.747-2.85		0	0.241	4623	4630	99.849
2.85-2.965	0.275	341	0.239	4124	4471	99.866
2.965-3.095		0	0.229	4268	4270	99.953
3.095-3.245	0.227	34	0.225	4082	4118	99.951
3.245-3.418	0.219	240	0.207	3660	3901	99.974
3.418-3.623	0.213	103	0.2	3613	3720	99.892
3.623-3.869	0.235	127	0.174	3356	3484	99.971
3.869-4.173	0.184	177	0.172	3081	3269	99.664
4.173-4.562		0	0.154	3016	3020	99.868
4.562-5.086	0.21	133	0.166	2621	2760	99.783
5.086-5.845	0.201	93	0.194	2344	2438	99.959
5.845-7.092	0.278	59	0.214	2043	2103	99.952
7.092-9.76	0.161	43	0.174	1622	1673	99.522
9.76-30	0.156	21	0.177	948	1046	92.639

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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