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万見
- PDB-2qzo: Crystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qzo
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Complexed with WAY-169916
要素
  • (Estrogen receptor) x 2
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-Ligand Complex / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / regulation of epithelial cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / aryl hydrocarbon receptor binding / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / regulation of glucose metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / transcription coregulator binding / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / transcription corepressor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / stem cell differentiation / cellular response to estradiol stimulus / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / circadian rhythm / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / regulation of gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / Extra-nuclear estrogen signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KN1 / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Gil, G. / Nowak, J. / Katzenellenbogen, J. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Coupling of receptor conformation and ligand orientation determine graded activity.
著者: Bruning, J.B. / Parent, A.A. / Gil, G. / Zhao, M. / Nowak, J. / Pace, M.C. / Smith, C.L. / Afonine, P.V. / Adams, P.D. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2007年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8306
ポリマ－62,1614
非ポリマー6692
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-40.6 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.806, 82.029, 58.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29462.727 Da / 分子数: 1 / 断片: STEROID-BINDING REGION, RESIDUES 298-554 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質 Estrogen receptor


分子量: 29538.844 Da / 分子数: 1 / 断片: STEROID-BINDING REGION, RESIDUES 298-554 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#3: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is naturally found in Mus Musculus (mouse).
由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BN74, UniProt: Q61026*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-KN1 / 4-[1-allyl-7-(trifluoromethyl)-1H-indazol-3-yl]benzene-1,3-diol / WAY-169916


分子量: 334.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13F3N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→15 Å / Num. obs: 48276 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 30.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.86 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 6.57 / Num. unique all: 3762 / Rsym value: 0.176 / Χ2: 1.264 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 3ERD

3erd


解像度: 1.72→9.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.324 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2446 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 48124 91.58 %-
all-48124 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→9.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3816 0 48 422 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4892.0015485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9933.0016584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.045509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.34524.172163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4915752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7941521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.22830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.22050
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5330.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3340.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3830.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9911.52545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2411.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50823962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50431698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.654.51503
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.764 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 105 -
Rwork0.223 2052 -
all-2157 -
obs-2157 56.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6930.25981.06981.3430.03582.7866-0.12440.1756-0.0284-0.23090.09080.0065-0.04920.00610.03360.0968-0.01680.03110.08870.00230.049312.60860.046-1.7071
22.00920.17-0.41330.9055-0.1220.9080.0488-0.08650.00850.0881-0.02910.038-0.0126-0.0289-0.01970.06810.006200.0889-0.00490.06354.1001-0.38922.0502
338.65587.607112.326724.396622.824822.10240.91941.0895-2.2411-0.1467-0.35750.10630.24160.1157-0.56190.3151-0.0214-0.00440.244-0.06160.2438.0366-17.1906-11.4447
46.434-2.43576.960221.07940.007913.71730.0428-0.25910.79590.0837-0.49481.3193-0.0084-0.57630.4520.04160.03650.08230.0606-0.11180.2699-6.597416.651925.7372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA305 - 5499 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2BB306 - 54910 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3CC687 - 6952 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4DD688 - 6963 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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