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- PDB-3cz7: Molecular Basis for the Autoregulation of the Protein Acetyl Tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cz7
タイトルMolecular Basis for the Autoregulation of the Protein Acetyl Transferase Rtt109
要素Regulator of Ty1 transposition protein 109
キーワードREPLICATION / Chromatin Stability
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / H3 histone acetyltransferase complex / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / maintenance of rDNA / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transposable element silencing / histone H3 acetyltransferase activity ...histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / H3 histone acetyltransferase complex / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / maintenance of rDNA / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / transposable element silencing / histone H3 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to stress / histone acetyltransferase / protein modification process / nucleosome assembly / regulation of gene expression / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferase Rtt109 / : / Rtt109-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Histone acetyltransferase RTT109
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoelz, A. / Stavropoulos, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Molecular basis for the autoregulation of the protein acetyl transferase Rtt109
著者: Stavropoulos, P. / Nagy, V. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2008年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of Ty1 transposition protein 109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9912
ポリマ－42,1811
非ポリマー8101
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.782, 68.886, 55.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 109


分子量: 42181.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RTT109, KIM2, REM50 / 細胞株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07794
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 12% (w/v) PEG 4,000, 1 mM ZnCl2, and 100 mM Sodium Acetate, pH 4.4, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X3A / 波長: 0.9798
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 55305 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.85 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 1496 5.1 %
Rwork0.156 --
obs0.158 29452 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20.71 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 51 276 3287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.994181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2055363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36823.813139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.98715539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7311519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1921.51885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69322972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5431376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9514.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 111 -
Rwork0.154 2061 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.340.1941-0.14430.97430.36651.4927-0.02240.0108-0.12430.0510.02710.05360.1742-0.0645-0.00470.01180.00420.0036-0.04370.0104-0.014118.23894.387713.5727
20.52290.1899-0.16551.2682-0.06220.9704-0.0033-0.04770.0034-0.01410.05040.0165-0.0029-0.02-0.0472-0.00670.0024-0.0055-0.0157-0.0008-0.007522.40567.872810.6712
30.9524-0.4496-0.44131.45660.65561.56940.11410.2831-0.1357-0.3433-0.14990.0933-0.0628-0.24060.03580.05440.0122-0.01870.0454-0.0309-0.001221.58684.91-8.3176
41.12840.0842-0.41380.74470.47351.62960.0593-0.18530.1610.1644-0.01030.0544-0.0774-0.0601-0.049-0.0035-0.00170.0138-0.0449-0.0144-0.00717.35813.162819.7168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 792 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2AA80 - 19880 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3AA199 - 277160 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4AA285 - 365246 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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