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- PDB-3cz4: Native AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cz4
タイトルNative AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase from E. coli
要素Class B acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / ACID PHOSPHATASE/PHOSPHOTRANSFERASE / METALLO PHOSPHATASE / Magnesium / Metal-binding / Periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIB, AphA / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Class B acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Leone, R. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Lentini, G. / Thaller, M.C. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of the bacterial class B phosphatase AphA belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases.
著者: Leone, R. / Cappelletti, E. / Benvenuti, M. / Lentini, G. / Thaller, M.C. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A Structure Based Proposal for the Catalytic Mechanism of the Bacterial Acid Phosphatase AphA belonging to the DDDD Superfamily of Phosphohydrolases
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
履歴
登録2008年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,00910
ポリマ－23,5551
非ポリマー4539
水5,837324
1
A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: Class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,03540
ポリマ－94,2214
非ポリマー1,81436
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area16390 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area33500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.294, 92.775, 137.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-215-

CL

21A-216-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Class B acid phosphatase


分子量: 23555.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aphA, napA, yjbP, b4055, JW4015 / プラスミド: pATAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(De3) / 参照: UniProt: P0AE22, acid phosphatase

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非ポリマー , 5種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: drop: 4.2-3.5 mg/mL in 50 mM CH3COONa buffer at pH 7.2, 10 mM MgCl2 reservoir: 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.6% (w/v) Spermine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日
詳細: Monochromator double crystal, Si(111); toroidal mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 31967 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.14 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / 冗長度: 4.14 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2311 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 99.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B82

2b82


解像度: 1.7→7.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.728 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21167 1717 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.181 31967 --
obs0.181 31967 96.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 27 324 2031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.9442375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.995222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.09824.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22415280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.51089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17621735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.793743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.864.5633
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 116 -
Rwork0.251 2311 -
obs-2311 99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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