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万見
- PDB-3cyt: REDOX CONFORMATION CHANGES IN REFINED TUNA CYTOCHROME C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cyt
タイトルREDOX CONFORMATION CHANGES IN REFINED TUNA CYTOCHROME C
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT (HEME PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Thunnus alalunga (とんぼ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Takano, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Redox conformation changes in refined tuna cytochrome c.
著者: Takano, T. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Conformation Change of Cytochrome C. I. Ferrocytochrome C Structure Refined at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Takano, T. / Dickerson, R.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Conformation Change of Cytochrome C. II. Ferricytochrome C Refinement at 1.8 Angstroms and Comparison with the Ferrocytochrome Structure
著者: Takano, T. / Dickerson, R.E.
#3: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1980
タイトル: Cytochrome C and the Evolution of Energy Metabolism
著者: Dickerson, R.E.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Internal Mobility of Ferrocytochrome C
著者: Northrup, S.H. / Pear, M.R. / Mccammon, J.A. / Karplus, M. / Takano, T.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977
タイトル: Tuna Cytochrome C at 2.0 Angstroms Resolution. II. Ferrocytochrome Structure Analysis
著者: Takano, T. / Trus, B.L. / Mandel, N. / Mandel, G. / Kallai, O.B. / Swanson, R. / Dickerson, R.E.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977
タイトル: Tuna Cytochrome C at 2.0 Angstroms Resolution. I. Ferricytochrome Structure Analysis
著者: Swanson, R. / Trus, B.L. / Mandel, N. / Mandel, G. / Kallai, O.B. / Dickerson, R.E.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: The Structure of Ferrocytochrome C at 2.45 Angstroms Resolution
著者: Takano, T. / Kallai, O.B. / Swanson, R. / Dickerson, R.E.
#8: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1972
タイトル: The Structure and History of an Ancient Protein
著者: Dickerson, R.E.
#9: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1980年7月1日処理サイト: BNL
置き換え1980年9月16日ID: 1CYT
改定 1.01980年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: CYTOCHROME C
I: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0694
ポリマ－22,8322
非ポリマー1,2372
水91951
1
O: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0352
ポリマ－11,4161
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0352
ポリマ－11,4161
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.420, 74.420, 36.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3944, -0.9189, -0.0029), (-0.9188, 0.3944, -0.0164), (0.0162, -0.0038, -0.9999)
ベクター: 37.0557, 37.5607, 17.8347)
詳細THE TRANSFORMATION WHICH WILL PLACE THE COORDINATES OF THE OXIDIZED OUTER MOLECULE INTO BEST ALIGNMENT WITH THOSE OF THE OXIDIZED INNER MOLECULE IS GIVEN IN THE MTRIX RECORDS BELOW. THE TRANSFORMATION WHICH WILL PLACE THE COORDINATES OF THE REDUCED MOLECULE (4CYT) INTO BEST ALIGNMENT WITH THOSE OF THE OXIDIZED INNER MOLECULE IN THE SPACE OF THE LATTER IS GIVEN BELOW .2868 .8127 -.5072 47.2662 .5553 -.5724 -.6033 17.5577 -.7806 -.1086 -.6155 16.3160

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11416.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thunnus alalunga (とんぼ) / 参照: UniProt: P81459
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Takano, T., (1973) J. Biol. Chem., 248, 5234., Swanson, R., (1977) J. Biol. Chem., 252, 759.

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 16831

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解析

精密化最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1606 0 86 51 1743
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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