PDB-3cy2: Crystal structure of human proto-oncogene serine threonine kinase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cy2

タイトル

Crystal structure of human proto-oncogene serine threonine kinase (PIM1) in complex with a consensus peptide and a beta carboline ligand II

要素

Pimtide peptide
Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1, Isoform 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

oncogene (がん遺伝子) /

kinase (キナーゼ) / serine-threonine /

PIM1 /

Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative initiation / ATP-binding /

Manganese (マンガン) /

Membrane (生体膜) / Metal-binding / Nucleotide-binding /

Nucleus (Nucleus) /

Phosphoprotein /

Proto-oncogene (がん遺伝子) /

Serine/threonine-protein kinase / Host-virus interaction / Viral immunoevasion /

Virion (ウイルス) /

Virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants /

transcription factor binding /

ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Fedorov, O. / Huber, K. / Bracher, F. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: 7,8-Dichloro-1-oxo-beta-carbolines as a Versatile Scaffold for the Development of Potent and Selective Kinase Inhibitors with Unusual Binding Modes
著者: Huber, K. / Brault, L. / Fedorov, O. / Gasser, C. / Filippakopoulos, P. / Bullock, A.N. / Fabbro, D. / Trappe, J. / Schwaller, J. / Knapp, S. / Bracher, F.

履歴

登録	2008年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年1月18日	Group: Database references
改定 1.3	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cy2.cif.gz	81 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cy2.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cy2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/3cy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/3cy2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bhyC 3cxwC 2c3iS 3cy3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4an3-d 2bil-d 3jpv-d 5n4z-d 5n4x-d 3qf9-d 5n51-d 1zc0-d 2bij-d 5n4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1, Isoform 2

B: Pimtide peptide

ヘテロ分子

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.668, 98.668, 81.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

詳細

AUTHORS STATE THAT BY GEL FILTRATION THE PROTEIN APPEARS TO BE MONOMERIC. THE BIOLOGICAL ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS A MONOMERIC COMPLEX BETWEEN THE PROTEIN AND THE CONSENSUS PEPTIDE.

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1, Isoform 2 分子量: 35719.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	Pimtide peptide 分子量: 1592.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide

#1: タンパク質

Proto-oncogene serine/threonine-protein kinase Pim-1, Isoform 2

分子量: 35719.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: P11309,

non-specific serine/threonine protein kinase

#2: タンパク質・ペプチド

Pimtide peptide

分子量: 1592.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide

-
非ポリマー , 4種, 210分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MB9 / (4R)-7-chloro-9-methyl-1-oxo-1,2,4,9-tetrahydrospiro[beta-carboline-3,4'-piperidine]-4-carbonitrile 分子量: 328.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇ClN₄O
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.56 M Na succinate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 8.4 / 数: 155741 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / D res high: 1.635 Å / D res low: 32.297 Å / Num. obs: 29963 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.36	32.3	99.3	1	0.033	0.033	4.9
4.49	6.36	100	1	0.034	0.034	5.2
3.67	4.49	100	1	0.04	0.04	5.3
3.18	3.67	100	1	0.051	0.051	5.3
2.84	3.18	100	1	0.078	0.078	5.3
2.59	2.84	100	1	0.126	0.126	5.2
2.4	2.59	100	1	0.194	0.194	5.2
2.25	2.4	100	1	0.28	0.28	5.2
2.12	2.25	100	1	0.453	0.453	5.2
2.01	2.12	100	1	0.704	0.704	5.1

反射

解像度: 2.01→32.297 Å / Num. obs: 29963 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.01-2.12	5.1	0.704	1.1	22252	4345	0.704	100
2.12-2.25	5.2	0.453	1.7	21266	4127	0.453	100
2.25-2.4	5.2	0.28	2.7	20128	3881	0.28	100
2.4-2.59	5.2	0.194	3.9	18786	3603	0.194	100
2.59-2.84	5.2	0.126	6	17413	3327	0.126	100
2.84-3.18	5.3	0.078	9.4	15909	3021	0.078	100
3.18-3.67	5.3	0.051	13.5	14018	2655	0.051	100
3.67-4.49	5.3	0.04	15.9	11944	2262	0.04	100
4.49-6.36	5.2	0.034	17.9	9231	1765	0.034	100
6.36-32.297	4.9	0.033	16.6	4794	977	0.033	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.42 Å
Translation	2.18 Å	29.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2C3I

2c3i

解像度: 2.01→32.297 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.454 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	1553	5.2 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
all	0.169	29927	-	-
obs	0.169	29927	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0.13 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→32.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2266	0	28	207	2501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.961	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.609	3.001	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.337	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.211	22.683	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.647	15	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.209	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.28	3	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.712	3	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.382	5	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.66	8	993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.69	11	975

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	114	-
R_work	0.278	2096	-
all	-	2210	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9961	-0.9528	1.637	7.0279	1.5283	6.802	-0.0432	-0.3664	-0.3256	0.8198	0.0652	0.3863	0.9173	-0.4977	-0.022	0.1114	-0.1897	-0.0384	0.1512	0.0307	-0.011	-23.255	31.018	5.913
2	1.5016	0.8437	-0.4046	1.3242	-0.3991	2.9587	0.147	-0.1414	-0.0834	0.095	-0.0426	0.2243	0.4611	-0.4561	-0.1044	-0.0348	-0.0812	-0.0384	0.0536	0.0054	-0.0266	-17.118	37.622	5.512
3	0.6165	0.0457	-0.0453	1.3525	-0.2527	1.6008	0.0346	-0.016	0.0076	-0.025	0.0351	-0.0575	0.0606	0.0361	-0.0697	-0.0769	0	-0.0266	-0.0472	-0.0104	-0.0591	-1.059	45.041	-1.192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 81	34 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	84 - 140	85 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	141 - 305	142 - 306

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 210分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-非ポリマー , 4種, 210分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 210分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)