PDB-3cxl: Crystal structure of human chimerin 1 (CHN1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cxl

タイトル

Crystal structure of human chimerin 1 (CHN1)

要素

N-chimerin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH2 / RHO-GAP / C1 / Structural Genomics Consortium / SGC / GTPase activation / Metal-binding / Phorbol-ester binding / SH2 domain / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

motor neuron axon guidance / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of axonogenesis / CDC42 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / ephrin receptor binding / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Shen, L. / Buck, M. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human chimerin 1 (CHN1).
著者: Shen, L. / Buck, M. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2008年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年10月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: phasing / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cxl.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cxl.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cxl_validation.pdf.gz	408 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cxl_full_validation.pdf.gz	411.9 KB	表示
XML形式データ	3cxl_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	3cxl_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/3cxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/3cxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xa6S 2osaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pqk-d 5dth-d 6qav-2 4z8s-d 6gmn-4 3a8j-2 3a8i-2 4bkt-3 1nmu-1 4s3e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (6) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (6) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (6)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (6)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (6)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: N-chimerin

ヘテロ分子

53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.187, 152.187, 69.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	N-chimerin / NC / N-chimaerin / Alpha-chimerin / A-chimaerin / Rho GTPase-activating protein 2 分子量: 53798.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHN1, ARHGAP2, CHN / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P15882
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細	RESIDUES A161-A167 THAT ARE PRESENT IN COORDINATES ARE LIKELY PART OF ENTITY 1. THEY WERE MODELED ...RESIDUES A161-A167 THAT ARE PRESENT IN COORDINATES ARE LIKELY PART OF ENTITY 1. THEY WERE MODELED AS POLY-ALA. THEIR ASSIGNMENT TO THE AMINO ACID SEQUENCE OF THE PROTEIN IS UNKNOWN DUE TO LACK OF CONTINUOUS ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1.4M Ammonium sulfate, 0.1M Glycine, 0.01M Magnesium chloride, 5% MPD, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29085 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.994 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.64	9.2	0.97	1359	1.417	1	97.3
2.64-2.69	9.8	0.868	1469	1.521	1	99.9
2.69-2.74	10.5	0.774	1438	1.362	1	100
2.74-2.8	11	0.681	1447	1.404	1	100
2.8-2.86	11.2	0.539	1461	1.321	1	100
2.86-2.93	11.2	0.45	1449	1.405	1	100
2.93-3	11.2	0.351	1457	1.356	1	100
3-3.08	11.2	0.268	1440	1.452	1	100
3.08-3.17	11.3	0.218	1457	1.427	1	100
3.17-3.28	11.2	0.168	1429	1.531	1	100
3.28-3.39	11.2	0.117	1464	1.666	1	100
3.39-3.53	11.2	0.098	1466	1.838	1	100
3.53-3.69	11.2	0.077	1458	1.857	1	100
3.69-3.88	11.1	0.067	1441	2.136	1	100
3.88-4.13	11	0.061	1474	2.464	1	100
4.13-4.45	10.9	0.056	1464	2.924	1	100
4.45-4.89	10.6	0.057	1459	3.523	1	100
4.89-5.6	10.4	0.057	1474	3.583	1	100
5.6-7.05	10.2	0.051	1496	3.001	1	100
7.05-50	10	0.038	1483	2.805	1	97.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.57 Å	43.93 Å
Translation	2.57 Å	43.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1XA6, 2OSA

1xa6

2osa

解像度: 2.6→28.513 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / WR_factor R_free: 0.298 / WR_factor R_work: 0.263 / SU B: 25.513 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. Atomic B-factors are residuals from TLS refinement. 3. Programs coot, molprobity, ffas03, SCWRL have also been used in refinement. 4. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	1433	5.062 %	RANDOM
R_work	0.266	-	-	-
obs	0.267	28308	99.546 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.663 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.044 Å²	0.022 Å²	0 Å²
2-	-	0.044 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.067 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3167	0	3	0	3170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.053	1.963	4392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3.002	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.211	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.79	23.537	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.03	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.059	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.227	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.342	1.5	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.052	1.5	806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.576	2	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.792	3	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.241	4.5	1177

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.444	99	0.421	1968	2095	98.663
2.667-2.74	0.443	102	0.366	1863	1984	99.042
2.74-2.819	0.363	96	0.331	1868	1978	99.292
2.819-2.904	0.336	86	0.3	1823	1918	99.531
2.904-2.999	0.316	91	0.286	1758	1853	99.784
2.999-3.103	0.291	89	0.261	1693	1789	99.609
3.103-3.218	0.321	87	0.276	1645	1737	99.712
3.218-3.348	0.285	89	0.266	1572	1663	99.88
3.348-3.495	0.29	71	0.253	1552	1623	100
3.495-3.662	0.282	82	0.251	1432	1515	99.934
3.662-3.857	0.307	75	0.266	1389	1464	100
3.857-4.086	0.319	71	0.263	1328	1401	99.857
4.086-4.362	0.326	63	0.246	1241	1305	99.923
4.362-4.702	0.269	65	0.238	1150	1218	99.754
4.702-5.137	0.212	59	0.235	1063	1122	100
5.137-5.72	0.272	60	0.251	975	1035	100
5.72-6.562	0.369	55	0.295	849	904	100
6.562-7.932	0.295	43	0.27	762	805	100
7.932-10.807	0.266	31	0.234	584	620	99.194
10.807-28.513	0.277	19	0.288	360	408	92.892

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1053	1.0507	-1.9672	1.0828	-0.6816	1.6257	-0.0362	-0.2221	-0.167	0.1175	-0.1364	-0.1185	0.0647	0.206	0.1726	-0.0572	0.0151	0.036	-0.098	-0.0171	-0.1771	-2.3132	67.0689	-0.0287
2	4.3119	0.9578	-0.0027	3.0188	-1.079	3.515	-0.1684	0.4739	-0.5878	-0.4859	0.0966	-0.0727	0.3836	-0.066	0.0718	0.0295	-0.049	0.1072	-0.0767	-0.1838	0.0276	-30.1975	48.8915	-8.4562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 262	18 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	263 - 455	267 - 459

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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