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- PDB-3cxk: 1.7 A Crystal structure of methionine-R-sulfoxide reductase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxk
タイトル1.7 A Crystal structure of methionine-R-sulfoxide reductase from Burkholderia pseudomallei: crystallization in a microfluidic crystal card.
要素Methionine-R-sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / BURKHOLDERIA / MSRB / MICROFLUIDIC LABCARD / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / ACCELERATED TECHNOLOGIES CENTER FOR GENE TO 3D STRUCTURE / ATCG3D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Peptide methionine sulfoxide reductase. / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei strain
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lovell, S. / Gerdts, C. / Staker, B. / Craigen, D. / Stewart, L. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: The plug-based nanovolume Microcapillary Protein Crystallization System (MPCS).
著者: Gerdts, C.J. / Elliott, M. / Lovell, S. / Mixon, M.B. / Napuli, A.J. / Staker, B.L. / Nollert, P. / Stewart, L.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-R-sulfoxide reductase
B: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2486
ポリマ－36,9992
非ポリマー2494
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6243
ポリマ－18,5001
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Methionine-R-sulfoxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6243
ポリマ－18,5001
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.997, 45.171, 45.402
Angle α, β, γ (deg.)88.410, 83.730, 69.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS THE SAME AS ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase


分子量: 18499.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei strain / 株: 1710b / 遺伝子: msrB, BURPS1710b_2458, YP_333853 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JRF0, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microfluidic microbatch in a crystal card / pH: 4.5
詳細: 30% MPD, 0.1M Acetate, 25% PEG 1500, pH 4.5, MICROFLUIDIC MICROBATCH IN A CRYSTAL CARD, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979315 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32539 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.30.42330230.562187.4
1.76-1.833.60.29731380.621192.5
1.83-1.913.70.22532740.688195.5
1.91-2.023.80.16432360.731196.2
2.02-2.143.70.12333230.803196.8
2.14-2.313.70.09533030.944196.8
2.31-2.543.70.0833241.099197.5
2.54-2.913.70.06633321.379197.6
2.91-3.663.50.05333251.814197.1
3.66-503.60.05132612.467195.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å22.15 Å
Translation1.93 Å22.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CEZ

3cez


解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.164 / SU B: 1.85 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1650 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 32478 95.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å2-1.35 Å21.06 Å2
2--0 Å2-0.27 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2068 0 10 180 2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9492925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93333537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0495268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66623.519108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7315329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7861514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.51320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2791.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78122123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6843832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2984.5798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.7440.2851090.2122071255385.39
1.744-1.7920.2711290.1922100244291.278
1.792-1.8440.232980.1772123236893.792
1.844-1.90.2141020.1822144235395.453
1.9-1.9620.2131030.172043223496.061
1.962-2.0310.244990.1722001218696.066
2.031-2.1080.199940.171920208196.78
2.108-2.1930.1821000.1591836199497.091
2.193-2.2910.151090.1521773193997.06
2.291-2.4020.222830.1611745187897.338
2.402-2.5310.197850.1621626175797.382
2.531-2.6840.252850.171527165597.402
2.684-2.8690.239980.1711441157397.839
2.869-3.0970.215650.1691356145897.462
3.097-3.3910.186600.1591235133597.004
3.391-3.7880.147670.1561138124396.943
3.788-4.3670.175390.139927105191.912
4.367-5.3330.152500.15485091098.901
5.333-7.4750.211440.20565670199.857
7.475-400.224310.17631640086.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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