PDB-3cvq: Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cvq

タイトル

Structure of Peroxisomal Targeting Signal 1 (PTS1) binding domain of Trypanosoma brucei Peroxin 5 (TbPEX5)complexed to PTS1 peptide (7-SKL)

要素

PTS1 peptide 7-SKL (Ac-SNRWSKL)
Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TPR motifs / TPR protein / Peroxin 5 / PEX5 / PTS1 binding domain / Protein-peptide complex / Receptor / TPR repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisome matrix targeting signal-1 binding / protein import into peroxisome matrix, docking / peroxisomal membrane / peroxisome / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A.M. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights into the recognition of peroxisomal targeting signal 1 by Trypanosoma brucei peroxin 5.
著者: Sampathkumar, P. / Roach, C. / Michels, P.A. / Hol, W.G.

履歴

登録	2008年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cvq.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cvq.ent.gz	52 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cvq_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cvq_full_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示
XML形式データ	3cvq_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	3cvq_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cv0C 3cvlC 3cvnC 3cvpC 1fchS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eqf-d 2c8j-1 3bqc-d 3c13-d 3nsz-d 6xar-2 5oue-2 1daw-d 4dfu-2 5y9m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5

B: PTS1 peptide 7-SKL (Ac-SNRWSKL)

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.794, 68.794, 230.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

THE BIOLOGICAL UNIT OF PROTEIN PEX5 IS MONOMER

#1: タンパク質	Peroxisome targeting signal 1 receptor PEX5 分子量: 36543.762 Da / 分子数: 1 / 断片: Binding domain,UNP residues 332-655 / 変異: M411A/K415A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PEX5 / Plasmid details: Derivative pET28 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U7C3, UniProt: Q57W55*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	PTS1 peptide 7-SKL (Ac-SNRWSKL) 分子量: 934.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 4.8 詳細: 2.3M Potassium acetate, 0.1M sodium citrate monohydrate, pH 4.8 - 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298KK, pH 4.80

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月7日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11776 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 96.04 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.0704 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB CODE 1FCH

1fch

解像度: 3.01→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 46.621 / SU ML: 0.402 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS model / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.446
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.321	584	5 %	RANDOM
R_work	0.273	-	-	-
obs	0.275	11705	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2266	0	6	12	2284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.944	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.46	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.329	25.128	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.441	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.169	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.285	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.356	1.5	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.639	2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.918	3	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.488	4.5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	39	-
R_work	0.343	768	-
obs	-	-	96.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4211	-2.8777	5.2634	5.2381	-0.7879	6.9325	0.3793	0.1971	0.2969	0.5692	0.6672	0.8674	-1.2846	-0.6861	-1.0465	0.0206	0.1722	0.3324	-0.2357	0.2058	-0.1711	-4.9765	25.5656	18.7519
2	9.4489	-5.1324	-4.0287	9.7651	2.8429	1.7791	0.339	0.7442	0.2263	-0.0724	1.2493	0.9425	-0.8502	-1.5549	-1.5883	-0.1828	0.0043	0.3267	-0.2235	0.2357	-0.3495	-1.8603	27.074	17.2888
3	0.7625	2.87	-0.7059	13.015	-6.4292	7.0857	0.5664	-0.5772	0.2871	1.2227	0.3078	1.0854	-0.7479	-0.1983	-0.8742	-0.45	0.2992	0.1164	-0.6359	0.0946	-0.5776	4.8976	21.2005	16.1667
4	4.7631	1.1226	2.9094	0.6387	-0.3872	4.8539	0.3203	0.3729	0.2644	-0.1212	-0.0543	0.2718	-0.4316	-0.0595	-0.266	-0.5826	0.136	0.1288	-0.6584	0.055	-0.7058	14.7542	22.7732	8.7991
5	3.1727	0.7446	0.886	4.4469	9.5545	26.9704	-0.003	0.4714	2.727	0.2661	0.6843	-1.635	-0.5484	1.2897	-0.6813	-0.1124	-0.0515	0.1909	-0.3432	0.0643	-0.2593	29.009	32.4784	8.626
6	49.0865	-21.9388	-11.9603	10.5188	8.5068	16.9221	1.3476	-4.3013	1.4501	-0.3181	1.9081	0.3452	2.0618	2.5964	-3.2557	0.2397	0.1696	0.2283	0.1836	0.177	0.9243	32.3442	10.0577	2.7743
7	3.109	0.756	-2.7301	4.1785	-2.1925	5.2872	0.5247	0.0889	0.0714	0.4212	0.1156	-0.325	-0.5336	0.423	-0.6402	-0.4839	0.0409	-0.12	-0.6122	0.0255	-0.6366	26.5733	17.5036	17.7428
8	3.047	3.6653	-0.5093	7.0016	-3.357	2.9901	0.3169	-0.6318	0.1258	0.6829	-0.0251	0.0671	-0.0521	-0.0702	-0.2918	-0.3549	0.1083	-0.0923	-0.6582	0.0946	-0.7292	11.0118	5.4859	26.8058
9	19.0639	-17.1774	3.4261	45.4591	-5.6341	6.1455	0.7103	0.3217	0.0077	-1.3075	-0.52	0.3771	0.9049	-0.2772	-0.1903	-0.4022	-0.119	-0.1529	-0.3676	0.1191	-0.5063	1.5882	-2.5776	19.1195
10	9.4816	-0.1506	-0.5273	5.9484	11.2742	21.3745	-0.1654	-0.1893	-0.6936	1.0113	0.1887	0.7838	1.493	-0.1158	-0.0233	0.0395	-0.2069	-0.1464	0.0511	0.2756	0.1044	-5.9096	-2.7937	25.2438
11	8.531	5.5371	7.9429	4.7057	6.876	18.9046	-0.318	-1.2442	-1.6541	-3.9025	1.1478	-1.846	0.8508	0.2656	-0.8298	-0.0636	0.0536	-0.0084	-0.8281	-0.0177	-0.6246	14.9239	2.9335	16.0719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	335 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	363 - 383
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	384 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	402 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	446 - 457
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	472 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	478 - 546
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	547 - 599
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	612 - 628
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	629 - 649
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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