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- PDB-3cvh: How TCR-like antibody recognizes MHC-bound peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvh
タイトルHow TCR-like antibody recognizes MHC-bound peptide
要素
  • 25-D1.16 heavy chain
  • 25-D1.16 light chain
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Ovalbumin
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Allergen / Phosphoprotein / Secreted / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / embryo development ending in birth or egg hatching / DAP12 signaling ...intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / embryo development ending in birth or egg hatching / DAP12 signaling / response to steroid hormone / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to corticosterone / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle / Neutrophil degranulation / early endosome lumen / response to progesterone / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / response to estrogen / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protease binding / protein homotetramerization / vesicle / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ovalbumin / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mareeva, T. / Martinez-Hackert, E. / Sykulev, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: How a T cell receptor-like antibody recognizes major histocompatibility complex-bound peptide
著者: Mareeva, T. / Martinez-Hackert, E. / Sykulev, Y.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ovalbumin
H: 25-D1.16 heavy chain
L: 25-D1.16 light chain
M: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: Ovalbumin
Q: 25-D1.16 heavy chain
R: 25-D1.16 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,90610
ポリマ－181,90610
非ポリマー00
水3,171176
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ovalbumin
H: 25-D1.16 heavy chain
L: 25-D1.16 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9535
ポリマ－90,9535
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
N: Beta-2-microglobulin
O: Ovalbumin
Q: 25-D1.16 heavy chain
R: 25-D1.16 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9535
ポリマ－90,9535
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.570, 111.345, 219.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AMBN

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H- 2KB


分子量: 31648.322 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 21-295 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01887

-
抗体 , 2種, 4分子 HQLR

#4: 抗体 25-D1.16 heavy chain


分子量: 23534.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 25-D1.16 light chain


分子量: 23101.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 178分子 CO

#3: タンパク質・ペプチド Ovalbumin / Egg albumin / Plakalbumin / Allergen Gal d 2 / Allergen Gal d II


分子量: 964.137 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 258-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P01012
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, pH 4.6 containing 25% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97925
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48272 / % possible obs: 97.6 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / % possible all: 95

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å49.63 Å
Translation2.9 Å49.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3CVI AND 2VAA

3cvi

2vaa


解像度: 2.9→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 39.639 / SU ML: 0.38 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.487 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 2203 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.223 41343 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12710 0 0 176 12886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02213062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.94717789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56951591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.45523.986582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.148152122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3651568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.25487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.28622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3531.58204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.617212989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7735677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3264.54800
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 158 -
Rwork0.287 2948 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5757-0.12860.6141.99350.00480.7464-0.0221-0.0264-0.0071-0.02930.00630.0421-0.09480.00970.0158-0.04740.00620.0063-0.0162-0.03150.0119-11.175-30.98921.497
21.85060.3039-0.99141.3143-0.80662.62870.11430.0028-0.0462-0.1292-0.01650.0088-0.0718-0.3234-0.0978-0.07260.0337-0.02410.1081-0.0992-0.0965-24.025-10.15164.425
30.467-0.745-0.07111.2362-0.12651.2127-0.0585-0.08130.0866-0.08740.05060.06740.15590.08340.00790.0051-0.01180.0012-0.0066-0.0207-0.0221-4.665-57.37615.041
42.0598-0.0806-0.88483.0456-0.30222.59060.032-0.11750.2852-0.1403-0.00370.0125-0.512-0.1714-0.0283-0.01880.2785-0.01630.3133-0.1503-0.0642-33.24115.49469.953
50.5151-0.3629-0.22380.6030.27371.1729-0.0913-0.0286-0.10490.02690.0521-0.0665-0.1097-0.04510.0392-0.02230.05450.00930.0169-0.0109-0.013520.149-81.584.016
62.71521.0662-0.81633.87281.7557.21270.14150.11610.3231-0.4527-0.04260.2766-0.2430.4683-0.09890.54250.13640.14170.354-0.12140.521-26.35546.30685.391
72.7324-1.24410.42464.1449-0.85937.1419-0.0734-0.24970.1560.23030.15580.2943-1.1142-0.7602-0.08240.19430.1287-0.0078-0.0012-0.0912-0.0434-18.0344.23533.477
82.76740.4272-0.67555.90722.05796.4026-0.2413-0.0556-0.21290.0464-0.16690.30481.1832-0.21360.40810.23910.01050.08630.0513-0.0787-0.1865-7.85-43.13653.562
91.18520.60560.52955.1903-0.8030.6178-0.02890.1161-0.0843-0.09620.10990.1152-0.08510.2024-0.0810.03510.02330.0033-0.0438-0.017-0.0614-13.679-3.64112.425
103.3744-1.60930.86442.6282-0.81072.81540.12420.034-0.04450.1458-0.20280.21690.53650.07730.07860.1507-0.06750.0152-0.0095-0.0846-0.1975-14.756-35.72174.451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1801 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 81 - 8
3X-RAY DIFFRACTION2MF1 - 1791 - 179
4X-RAY DIFFRACTION2OH1 - 81 - 8
5X-RAY DIFFRACTION3HD1 - 1191 - 119
6X-RAY DIFFRACTION3LE1 - 1071 - 107
7X-RAY DIFFRACTION4QI1 - 1191 - 119
8X-RAY DIFFRACTION4RJ1 - 1071 - 107
9X-RAY DIFFRACTION5HD120 - 213120 - 213
10X-RAY DIFFRACTION5LE108 - 209108 - 209
11X-RAY DIFFRACTION6QI120 - 213120 - 213
12X-RAY DIFFRACTION6RJ108 - 209108 - 209
13X-RAY DIFFRACTION7AA181 - 274181 - 274
14X-RAY DIFFRACTION8MF181 - 274181 - 274
15X-RAY DIFFRACTION9BB1 - 991 - 99
16X-RAY DIFFRACTION10NG1 - 991 - 99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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