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万見
- PDB-3cv7: Crystal structure of porcine aldehyde reductase ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cv7
タイトルCrystal structure of porcine aldehyde reductase ternary complex
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM BARREL / ALDO-KETO REDUCTASE / TERNARY COMPLEX / Acetylation / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldehyde catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldehyde catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dichloro-2-hydroxybenzoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.412 Å
データ登録者Carbone, V. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: Structure of aldehyde reductase in ternary complex with coenzyme and the potent 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase inhibitor 3,5-dichlorosalicylic acid: Implications for inhibitor binding and selectivity
著者: Carbone, V. / Chung, R. / Endo, S. / Hara, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9627
ポリマ－36,6271
非ポリマー1,3356
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.385, 67.385, 246.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

21A-563-

HOH

31A-607-

HOH

41A-608-

HOH

51A-610-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase / Aldehyde reductase / Aldo-keto reductase family 1 member A1


分子量: 36626.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: kidney / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-C2U / 3,5-dichloro-2-hydroxybenzoic acid / 3,5-ジクロロサリチル酸


分子量: 207.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4Cl2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PUBLISHED SEQUENCE IS FROM EXPRESSED MATERIAL WHILE THE SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS FROM ...THE PUBLISHED SEQUENCE IS FROM EXPRESSED MATERIAL WHILE THE SEQUENCE FOR THIS ENTRY IS FROM PURIFIED MATERIAL. O.EL-KABBANI,N.C.GREEN,G.LIN,M.CARSON,S.V.L.NARAYANA, K.M.MOORE,T.G.FLYNN,L.J.DELUCAS. STRUCTURES OF HUMAN AND PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE: AN ENZYME IMPLICATED IN DIABETIC COMPLICATIONS. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA D50, 859-868, 1994.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M ammonium sulphate, 0.1M tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.412→50 Å / Num. all: 13622 / Num. obs: 12533 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.88 % / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.412→2.5 Å / 冗長度: 5.31 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AO0

2ao0
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.412→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.605 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 1.472 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24675 622 5 %RANDOM
Rwork0.19081 ---
all0.194 12533 --
obs0.19364 11910 92.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.11 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.281 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.412→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 80 255 2899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6222.0063708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1795325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55824.215121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97915436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5731517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21784
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.51679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16322637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81431192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6074.51069
LS精密化 シェル解像度: 2.412→2.475 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 42 -
Rwork0.232 759 -
obs--82.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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