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- PDB-3csu: CATALYTIC TRIMER OF ESCHERICHIA COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3csu
タイトルCATALYTIC TRIMER OF ESCHERICHIA COLI ASPARTATE TRANSCARBAMOYLASE
要素PROTEIN (ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE (CARBAMOYL-P / ASPARTATE)
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Beernink, P.T. / Endrizzi, J.A. / Alber, T. / Schachman, H.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Assessment of the allosteric mechanism of aspartate transcarbamoylase based on the crystalline structure of the unregulated catalytic subunit.
著者: Beernink, P.T. / Endrizzi, J.A. / Alber, T. / Schachman, H.K.
履歴
登録1999年4月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE)
B: PROTEIN (ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE)
C: PROTEIN (ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0915
ポリマ－103,0113
非ポリマー802
水14,214789
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area32250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.120, 82.540, 210.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE)


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
解説: ISOLATED FROM ATCASE HOLOENZYME BY TREATMENT WITH NEOHYDRIN
遺伝子: PYRB / プラスミド: PAX4 / 遺伝子 (発現宿主): PYRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 % / 解説: DATA WERE SCANNED WITH 0.15 PIXEL SIZE
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 MTris-HCl1reservoir
20.04 M1reservoirCa(OAc)2
37.5 %PEG80001reservoir
46.1 mg/mlprotein1drop
510 mMTris-HCl1drop
61 mM2-mercaptoethanol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→20 Å / Num. obs: 80183 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.96 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD ENTRY 8ATC

8atc


解像度: 1.88→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: SER 171 IS MODELED IN TWO CONFORMATIONS THE UNUSUAL B VALUES IN THIS COORDINATE SET ARE DISCUSSED IN THE PAPER CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE. BASED ON PRELIMINARY REFINEMENT OF ANOTHER T ...詳細: SER 171 IS MODELED IN TWO CONFORMATIONS THE UNUSUAL B VALUES IN THIS COORDINATE SET ARE DISCUSSED IN THE PAPER CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE. BASED ON PRELIMINARY REFINEMENT OF ANOTHER T STATE STRUCTURE AGAINST HIGHER RESOLUTION DATA, A MORE TYPICAL B VALUE DISTRIBUTION WAS FOUND. THESE NEW RESULTS WILL BE PUBLISHED WHEN THE REFINEMENT AND ANALYSIS IS COMPLETE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 3971 5 %EVERY 20TH REFLECTION
Rwork0.19 ---
obs-76129 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: TNT IMPLEMENTED / Bsol: 290 Å2 / ksol: 0.83 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6809 0 2 789 7600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00869381.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.8593912.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.6541240
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011762
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01510075
X-RAY DIFFRACTIONt_it1469380
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0212910
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.31.85
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.65
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr50.015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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