PDB-3css: Crystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Leishmania gu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3css

タイトル

Crystal structure of 6-phosphogluconolactonase from Leishmania guyanensis

要素

6-phosphogluconolactonase

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / 6-phosphogluconolactonase / leishmaniasis / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Optimal description of a protein structure in terms of multiple groups undergoing TLS motion.
著者: Painter, J. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2008年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3css.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3css.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3css.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3css_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3css_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	3css_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3css_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3css ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3css	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ch7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3afb-1 3rri-d 3ch7-d 3afb-2 2ej9-d 1oha-d 3a4x-1 3pkm-2 2zgx-d 4dmo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lguy003394AAAThis TargetDB ID was not present in the Target database at the time of deposition. TargetDB: Lmaj003394AAALeishmania major homologue

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-phosphogluconolactonase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.999, 89.381, 100.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	6-phosphogluconolactonase 分子量: 28688.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア) 株: MHOM/BR/75/M2904 / 遺伝子: LbrM26_V2.2630, LbrM26_V2.2660 / プラスミド: BG1861 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4HFB4, gluconolactonase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE DIFFERENCES IN THE SEQUENCE ARE DUE TO STRAIN VARIATIONS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M Sodium acetate, 0.1 M NH4H2PO4 pH 5.0, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 33580 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	4.4	0.409	2503	1.014	1	72.9
1.76-1.83	6.2	0.352	3044	0.981	1	87
1.83-1.91	6.8	0.262	3353	1.053	1	97.9
1.91-2.02	7.3	0.188	3480	1.121	1	99.9
2.02-2.14	7.5	0.124	3479	1.112	1	100
2.14-2.31	7.5	0.085	3497	1.187	1	100
2.31-2.54	7.5	0.066	3488	1.242	1	100
2.54-2.91	7.5	0.044	3518	0.975	1	100
2.91-3.66	7.5	0.034	3548	1.068	1	100
3.66-50	7.2	0.021	3670	0.884	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3CH7

3ch7

解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.339 / SU ML: 0.057 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	1693	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.17	33570	95.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1991	0	5	202	2198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.986	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.08	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.85	24.302	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.148	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.915	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.615	1.5	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.163	1.5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.095	2	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.74	3	770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.765	4.5	682

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	90	-
R_work	0.276	1709	-
all	-	1799	-
obs	-	-	70.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8175	-0.4239	-0.3088	1.5747	-0.4983	3.0318	0.0363	0.4291	-0.2153	-0.0905	0.0955	0.0043	0.3517	0.5268	-0.1318	0.0672	0.0378	-0.0004	0.0616	-0.0029	0.0262	32.3241	22.3366	37.1272
2	4.4009	0.3111	0.1103	0.5083	0.6737	3.8276	0.0014	0.3494	-0.4007	-0.0317	-0.1029	0.0059	0.5374	-0.1733	0.1015	0.0934	-0.0451	0.0143	0.0852	-0.0498	0.0156	21.0905	19.7221	28.6813
3	3.7574	-2.7146	-2.549	3.8808	1.802	4.0673	0.2926	0.7673	0.1777	-0.6475	-0.3868	0.0077	-0.6453	-0.3137	0.0942	0.0498	0.043	-0.0491	0.1949	0.0757	-0.0628	15.8492	37.7754	26.2804
4	1.7557	-0.304	-0.2722	3.9696	0.4966	4.5097	0.1434	0.6953	-0.0291	-0.2024	-0.2599	0.0363	0.1373	-0.605	0.1166	-0.0206	-0.0398	-0.0367	0.2932	-0.0512	-0.0987	16.0851	25.3682	22.861
5	4.911	1.4636	-0.3272	9.8806	2.424	3.8921	-0.0359	0.6322	0.506	-0.3432	-0.0383	0.5061	-0.5195	-0.5701	0.0742	-0.0066	0.0948	-0.1124	0.2581	0.1225	0.0074	7.0643	43.9947	29.9519
6	0.8685	0.5994	-0.371	6.8559	-0.6153	1.9292	-0.1107	0.3108	0.1215	-0.0633	0.0059	0.3766	0.0754	-0.6975	0.1047	-0.118	-0.0268	-0.041	0.2284	-0.0168	0.0215	4.1484	32.5014	36.6572
7	9.2075	0.9285	-8.1303	0.0953	-0.7496	10.0952	-0.1844	-0.0968	-0.1732	0.0259	0.1382	-0.0056	-0.0296	0.1877	0.0462	0.0729	-0.0901	0.0285	0.1348	0.0212	0.0548	4.4871	22.8181	48.4179
8	1.1097	0.2365	0.1689	1.7093	0.2816	1.3173	-0.037	-0.0074	0.1205	0.0144	-0.0273	0.1245	-0.0509	-0.2583	0.0644	0.0118	0	-0.0053	0.0908	0.0045	0.0379	16.0305	36.6027	41.9061
9	0.5832	-0.2381	0.1888	1.9926	0.4434	1.9252	-0.0298	-0.0317	-0.0027	0.1602	0.0672	-0.154	0.081	-0.0286	-0.0374	0.0428	0.0061	-0.0166	0.08	0.0125	0.0606	28.3205	32.2125	47.969
10	6.1072	-4.7851	5.9416	8.113	-8.2668	15.0522	-0.2751	-0.4127	0.2884	0.4517	0.2398	-0.8045	-0.1315	0.3888	0.0353	-0.0434	0.0083	-0.0467	0.1377	-0.0563	0.113	40.2574	31.7064	46.1391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 29	4 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	30 - 73	30 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	74 - 89	74 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	90 - 106	90 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	107 - 120	107 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	121 - 143	121 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	144 - 155	144 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	156 - 212	156 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	213 - 258	213 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	259 - 267	259 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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