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- PDB-3cs9: Human ABL kinase in complex with nilotinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cs9
タイトルHuman ABL kinase in complex with nilotinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE / nilotinib / amn107 / kinase / Abl / Alternative splicing / ATP-binding / Cell adhesion / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm / Cytoskeleton / Lipoprotein / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Myristate / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase / ABL KINASE WT IN COMPLEX WITH NVP-AMN107
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding ...positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of oxidoreductase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / DNA conformation change / neuroepithelial cell differentiation / : / B cell proliferation involved in immune response / cerebellum morphogenesis / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / bubble DNA binding / mitochondrial depolarization / regulation of cell motility / activated T cell proliferation / positive regulation of establishment of T cell polarity / cellular response to dopamine / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / syntaxin binding / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / myoblast proliferation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / negative regulation of cell-cell adhesion / Myogenesis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of microtubule polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / associative learning / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / Bergmann glial cell differentiation / regulation of endocytosis / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of BMP signaling pathway / actin monomer binding / canonical NF-kappaB signal transduction / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / BMP signaling pathway / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mismatch repair / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of cell adhesion / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / four-way junction DNA binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of vasoconstriction / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of endothelial cell migration / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic cell cycle / substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / post-embryonic development / integrin-mediated signaling pathway / establishment of localization in cell
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nilotinib / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Cowan-Jacob, S.W. / Fendrich, G. / Manley, P. / Liebetanz, J. / Fabbro, D.
引用
ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2005
タイトル: Characterization of AMN107, a selective inhibitor of native and mutant Bcr-Abl
著者: Weisberg, E. / Manley, P.W. / Breitenstein, W. / Brueggen, J. / Cowan-Jacob, S.W. / Ray, A. / Huntly, B. / Fabbro, D. / Fendrich, G. / Hall-Meyers, E. / Kung, A.L. / Mestan, J. / Daley, G.Q. ...著者: Weisberg, E. / Manley, P.W. / Breitenstein, W. / Brueggen, J. / Cowan-Jacob, S.W. / Ray, A. / Huntly, B. / Fabbro, D. / Fendrich, G. / Hall-Meyers, E. / Kung, A.L. / Mestan, J. / Daley, G.Q. / Callahan, L. / Catley, L. / Cavazza, C. / Azam, M. / Neuberg, D. / Wright, R.D. / Gilliland, D.G. / Griffin, J.D.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution conformations and dynamics of ABL kinase inhibitor complexes determined by NMR substantiate the different binding modes of imatinib/nilotinib and dasatinib
著者: Vajpai, N. / Strauss, A. / Fendrich, G. / Cowan-Jacob, S.W. / Manley, P.W. / Grzesiek, S. / Jahnke, W.
履歴
登録2008年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3218
ポリマ－128,2034
非ポリマー2,1184
水4,792266
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,0511
非ポリマー5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,0511
非ポリマー5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,0511
非ポリマー5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5802
ポリマ－32,0511
非ポリマー5301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.926, 118.088, 123.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ABL1 / p150 / c-ABL / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1


分子量: 32050.684 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN (UNP residues 229-500) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-NIL / Nilotinib / 4-methyl-N-[3-(4-methyl-1H-imidazol-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]benzamide / ニロチニブ


分子量: 529.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22F3N7O / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10.5 % PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00033 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 68942 / Num. obs: 68942 / % possible obs: 98.58 % / 冗長度: 7.53 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.25 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Num. unique all: 6728 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Unpublished structure of Abl complex

解像度: 2.21→40 Å / SU B: 11.228 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24186 3477 5 %RANDOM
Rwork0.19744 ---
all0.19965 65406 --
obs0.19965 65406 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.59 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8274 0 156 266 8696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0228659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.96311732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.035317844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54451003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39224.116396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.245151483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8271541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.27523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.24422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2171.55548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2361.52054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66428165
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29734208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2454.53567
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.263 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 268
Rwork0.237 4633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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