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- PDB-3cs1: Flagellar Calcium-binding Protein (FCaBP) from T. cruzi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cs1
タイトルFlagellar Calcium-binding Protein (FCaBP) from T. cruzi
要素Flagellar calcium-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / flagella / calcium-binding / myristoylated / palmitoylated / sensor / membrane targeting / EF-hand / Cell projection / Cilium / Flagellum
機能・相同性
機能・相同性情報


motile cilium / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Flagellar calcium-binding protein calflagin / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Flagellar calcium-binding protein calflagin / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar calcium-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ames, J.B. / Ladner, J.E. / Wingard, J.N. / Robinson, H. / Fisher, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural Insights into Membrane Targeting by the Flagellar Calcium-binding Protein (FCaBP), a Myristoylated and Palmitoylated Calcium Sensor in Trypanosoma cruzi.
著者: Wingard, J.N. / Ladner, J. / Vanarotti, M. / Fisher, A.J. / Robinson, H. / Buchanan, K.T. / Engman, D.M. / Ames, J.B.
履歴
登録2008年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar calcium-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9551
ポリマ－24,9551
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.910, 37.670, 141.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flagellar calcium-binding protein / FCABP / 1F8 protein / P24 / 29 kDa flagella protein / F29 / 24 kDa antigen / ALC-1 antigen


分子量: 24955.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: FCABP / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07749
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.92 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: well solution: 2.88M ammonium sulfate, 0.09M MES pH 6.0, 0.075 magnesium chloride, 0.01M sodium acetate pH 4.6., hanging drop vapor diffusion, temperature 298K, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日
放射モノクロメーター: MSC BLUE CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.84 Å / Num. obs: 12558 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 97.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 12.718 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 600 4.8 %
Rwork0.212 --
obs0.216 12496 99.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 0 65 1621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.9732246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1885211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7324.39691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15115328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3741515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2740.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9711.51018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43421592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4973729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6524.5643
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 96 -
Rwork0.251 1683 -
obs--99.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.0352 Å / Origin y: -1.4832 Å / Origin z: -16.7111 Å
111213212223313233
T-0.0618 Å2-0.0223 Å20.0015 Å2--0.1139 Å2-0.0057 Å2--0.0126 Å2
L0.8318 °20.0284 °2-0.325 °2-0.5322 °2-1.1823 °2--6.6796 °2
S-0.0247 Å °0.1055 Å °0.007 Å °-0.0697 Å °-0.0212 Å °0.0262 Å °0.3274 Å °-0.2478 Å °0.0459 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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