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- PDB-3crl: Crystal structure of the PDHK2-L2 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crl
タイトルCrystal structure of the PDHK2-L2 complex.
要素
  • Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial
  • Pyruvate dehydrogenase [lipoamide] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / pyruvate dehydrogenase kinase isozyme 2 / glucose metabolism / kinase / mitochondrion / Carbohydrate metabolism / Transit peptide / Acyltransferase / Glycolysis / Lipoyl
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Retinoic Acid / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate catabolic process ...Signaling by Retinoic Acid / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate catabolic process / Protein lipoylation / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of ketone metabolic process / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / tricarboxylic acid cycle / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-serine phosphorylation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / mitochondrial matrix / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. ...Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / Dihydrolipoamide acetyltransferase/Pyruvate dehydrogenase protein X component / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Popov, K.M. / Luo, M. / Green, T.J. / Grigorian, A. / Klyuyeva, A. / Tuganova, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional insights into the molecular mechanisms responsible for the regulation of pyruvate dehydrogenase kinase 2.
著者: Green, T. / Grigorian, A. / Klyuyeva, A. / Tuganova, A. / Luo, M. / Popov, K.M.
履歴
登録2008年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase [lipoamide] kinase isozyme 2, mitochondrial
B: Pyruvate dehydrogenase [lipoamide] kinase isozyme 2, mitochondrial
C: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial
D: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,97910
ポリマ－111,8404
非ポリマー1,1396
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-64.5 kcal/mol
Surface area40800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.413, 121.630, 71.452
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERLEULEUAA12 - 16812 - 168
211SERSERLEULEUBB12 - 16812 - 168
321SERSERPHEPHEAA179 - 340179 - 340
421SERSERPHEPHEBB179 - 340179 - 340
112HISHISILEILECC132 - 2145 - 87
212HISHISHOHHOHDD - N132 - 2165

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase [lipoamide] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDK P45


分子量: 46155.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pdk2 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q64536, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: タンパク質 Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase complex E2 subunit / PDCE2 / E2 / Dihydrolipoamide S-acetyltransferase ...Pyruvate dehydrogenase complex E2 subunit / PDCE2 / E2 / Dihydrolipoamide S-acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / PDC-E2 / 70 kDa mitochondrial autoantigen of primary biliary cirrhosis / PBC / M2 antigen complex 70 kDa subunit


分子量: 9764.351 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 181-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLAT, DLTA / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P10515, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase

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非ポリマー , 4種, 148分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.3) and 0.5 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→70.89 Å / Num. obs: 32860 / % possible obs: 90.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.61→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / % possible all: 64.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 24.813 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.287 / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1641 5 %RANDOM
Rwork0.2205 ---
obs0.223 32859 89.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7459 0 66 142 7667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9910466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5075932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93524.478335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.619151310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7791536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.23694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2220.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3551.54698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65227641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7233049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1874.52825
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2468MEDIUM POSITIONAL0.370.5
1A2468MEDIUM THERMAL0.212
2C648MEDIUM POSITIONAL0.330.5
2C648MEDIUM THERMAL0.082
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.682 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 63 -
Rwork0.302 1374 -
all-1437 -
obs--53.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0985-0.6152-0.38852.404-0.02373.0643-0.10590.0658-0.36930.27560.0735-0.1820.74570.45590.03240.4029-0.02010.0660.01250.02150.018567.320388.380566.8343
22.0080.9539-0.10464.8199-0.59963.50460.0129-0.15680.0840.8406-0.1119-0.0522-0.2204-0.18370.0990.3682-0.06890.06420.1529-0.0354-0.105363.1762101.236772.1438
30.07940.39060.38235.7788-0.44863.2463-0.03710.11530.02930.73040.10020.48250.3004-0.4944-0.06320.305-0.17490.16570.2717-0.04730.049957.639594.978860.81
41.02210.1978-0.0884.9917-1.06942.6467-0.06460.3741-0.18060.22430.01880.91290.4949-0.47960.0458-0.0193-0.12050.07020.24-0.04950.193349.9828102.589741.1157
51.32240.37790.29095.5721-1.20171.2342-0.02170.10720.24210.20780.1290.56420.1361-0.1838-0.1074-0.0118-0.03650.08540.243-0.0220.158555.6433111.167242.4188
69.04871.1446-1.46612.5724-5.07410.0818-0.3203-0.35431.77271.45470.35180.0584-2.8403-0.1142-0.03150.8295-0.00450.00590.1622-0.09190.082464.3913119.744956.14
70.9021-1.2961-0.54516.579-1.34531.4-0.049-0.02570.2050.3101-0.08490.07350.05920.20970.13390.1293-0.05760.0220.1949-0.0490.105862.4387109.613447.9597
83.92852.7926.52543.8474.321911.9451-0.16520.3332-0.2327-0.00390.2811-0.50970.02320.7874-0.1160.2405-0.00810.06730.16260.04890.077375.060899.250759.0297
90.75121.12270.63411.79331.0640.65240.1904-0.46480.37130.9542-0.29370.0219-0.1654-0.19370.10340.2355-0.00630.07010.21850.01910.35283.479129.465654.1287
103.1140.98320.13772.27430.36961.55240.02870.02450.29020.2111-0.059-0.5039-0.20550.26590.0304-0.1045-0.01240.00690.13510.05250.4084100.3653131.962340.2559
110.75071.17770.41459.6165-1.14674.27030.0080.2756-0.47990.29740.1666-0.99930.64960.0518-0.1746-0.08190.0664-0.03770.15110.03740.530997.7231111.813337.111
123.6821-1.38571.66774.7379-1.56490.96370.12350.40510.3515-0.6068-0.2415-0.43330.11430.38640.1180.0245-0.00140.08710.19110.12760.34390.8062129.333532.2801
131.73991.6762-0.35135.34120.08121.2608-0.17340.4430.2875-1.04450.1194-0.1483-0.1524-0.24470.0540.1642-0.01970.06440.27830.12430.078272.0098122.28921.716
141.04341.51560.72254.8616-0.65481.5921-0.20390.25790.0546-0.49690.1281-0.14370.21210.05450.07580.0485-0.01940.09760.26360.02120.113172.6917113.654527.5442
1527.29250.3254.14963.5367-4.22185.79490.89310.5869-2.35340.2081-0.305-1.38732.1239-0.2586-0.58810.04260.0208-0.01770.1184-0.05710.641385.0699105.040337.9269
161.54750.44130.12235.32142.32974.1475-0.1083-0.0688-0.13140.02170.2131-0.62760.25650.0712-0.1048-0.01480.0060.03940.19220.03220.305583.327117.408634.8439
171.94211.21550.46582.1421.17981.33520.14510.01920.26960.1799-0.13520.04030.1848-0.1145-0.00990.04160.02070.04360.19080.01210.21176.7086120.033139.9718
182.94890.3929-1.0030.3909-0.7311.3951-0.05710.347-0.69990.6810.0294-0.63770.05150.3910.02770.2377-0.0580.05020.14520.04720.198881.525797.799456.5615
1932.8002-11.306-6.19813.89712.13641.1712-0.29990.26892.73112.15270.49581.1804-0.64430.1244-0.19580.73390.4532-0.29580.63260.4030.5699101.398389.96775.1311
209.69281.0608-0.29840.5395-1.46674.866-0.52180.7458-0.6225-0.0599-0.3112-0.42540.09060.50650.8330.20640.09740.12770.20820.20680.234289.251690.479663.4017
2130.95639.46422.3023.8-1.62296.1429-1.377-0.82050.3464-0.9279-0.42840.0177-0.01290.51551.80540.21330.12490.0288-0.040.07660.30684.947892.3862.6109
2215.6334-3.51372.60946.2477-1.37210.54860.14560.4716-0.55160.7642-0.1395-0.0477-0.43380.4061-0.00610.35950.29050.17090.2470.25350.133794.890487.157663.7481
2310.3208-4.0516-6.83141.59052.68184.5217-0.72511.7262-0.52141.64121.37311.9455-1.33060.5081-0.6480.9420.12270.19120.74510.60920.8148100.598591.811369.6485
241.67293.1493-2.598111.5327-16.138726.60980.0425-0.81930.28831.202-0.4083-0.24292.0567-1.96510.36570.5387-0.0178-0.1620.57620.05530.3464100.8891135.091577.6636
254.85260.81880.46135.4827-0.1519.1010.3966-0.9430.18950.4296-0.34970.52510.7466-0.6488-0.04680.3183-0.0126-0.05490.1048-0.1680.028789.6148134.025163.5149
263.61874.55031.37316.6224-1.904715.160.8593-0.35550.46961.4041-0.51840.2740.5444-0.2667-0.3410.225-0.0930.00460.0626-0.20380.046189.2387132.691558.9543
279.4834-5.1813-1.263316.0513-1.640811.23150.2626-0.94660.08571.7895-0.4852-0.10930.0286-0.56950.22260.0824-0.290.11610.0224-0.25630.106489.7562137.972368.5764
2810.763-4.1328-0.23351.58690.08970.0051-1.7231-1.6089-0.9135-1.42-0.0245-1.35980.48270.59431.74770.691-0.09560.05810.60810.09970.666594.7652132.565576.4863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 4912 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2AA50 - 15150 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3AA152 - 188152 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4AA189 - 238189 - 238
5X-RAY DIFFRACTION5AA239 - 299239 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6AA300 - 312300 - 312
7X-RAY DIFFRACTION7AA323 - 361323 - 361
8X-RAY DIFFRACTION8AA362 - 381362 - 381
9X-RAY DIFFRACTION9AA382 - 402382 - 402
10X-RAY DIFFRACTION10BB12 - 11612 - 116
11X-RAY DIFFRACTION11BB117 - 150117 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12BB151 - 188151 - 188
13X-RAY DIFFRACTION13BB189 - 238189 - 238
14X-RAY DIFFRACTION14BB239 - 299239 - 299
15X-RAY DIFFRACTION15BB300 - 312300 - 312
16X-RAY DIFFRACTION16BB323 - 343323 - 343
17X-RAY DIFFRACTION17BB344 - 376344 - 376
18X-RAY DIFFRACTION18BB377 - 404377 - 404
19X-RAY DIFFRACTION19CC128 - 1361 - 9
20X-RAY DIFFRACTION20CC137 - 16210 - 35
21X-RAY DIFFRACTION21CC163 - 18136 - 54
22X-RAY DIFFRACTION22CC182 - 19955 - 72
23X-RAY DIFFRACTION23CC200 - 21473 - 87
24X-RAY DIFFRACTION24DD128 - 1361 - 9
25X-RAY DIFFRACTION25DD137 - 16310 - 36
26X-RAY DIFFRACTION26DD164 - 18137 - 54
27X-RAY DIFFRACTION27DD182 - 20055 - 73
28X-RAY DIFFRACTION28DD201 - 21474 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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