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万見
- PDB-3crf: Electron Microscopy model of the Saf Pilus- Type B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3crf
タイトルElectron Microscopy model of the Saf Pilus- Type B
要素(Outer membrane protein) x 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SafA protein polymer / Type B Saf Pilus / Fibril Protein
機能・相同性Saf-pilin pilus formation protein / Saf-pilin pilus formation protein / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17 Å
データ登録者Salih, O. / Remaut, H. / Waksman, G. / Orlova, E.V.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the Saf pilus by electron microscopy and image processing.
著者: Osman Salih / Han Remaut / Gabriel Waksman / Elena V Orlova /
要旨: Bacterial pili are important virulence factors involved in host cell attachment and/or biofilm formation, key steps in establishing and maintaining successful infection. Here we studied Salmonella ...Bacterial pili are important virulence factors involved in host cell attachment and/or biofilm formation, key steps in establishing and maintaining successful infection. Here we studied Salmonella atypical fimbriae (or Saf pili), formed by the conserved chaperone/usher pathway. In contrast to the well-established quaternary structure of typical/FGS-chaperone assembled, rod-shaped, chaperone/usher pili, little is known about the supramolecular organisation in atypical/FGL-chaperone assembled fimbriae. In our study, we have used negative stain electron microscopy and single-particle image analysis to determine the three-dimensional structure of the Salmonella typhimurium Saf pilus. Our results show atypical/FGL-chaperone assembled fimbriae are composed of highly flexible linear multi-subunit fibres that are formed by globular subunits connected to each other by short links giving a "beads on a string"-like appearance. Quantitative fitting of the atomic structure of the SafA pilus subunit into the electron density maps, in combination with linker modelling and energy minimisation, has enabled analysis of subunit arrangement and intersubunit interactions in the Saf pilus. Short intersubunit linker regions provide the molecular basis for flexibility of the Saf pilus by acting as molecular hinges allowing a large range of movement between consecutive subunits in the fibre.
履歴
登録2008年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1495
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein
B: Outer membrane protein
C: Outer membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3333
ポリマ－30,3333
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein / SAFA PILUS SUBUNIT


分子量: 12992.533 Da / 分子数: 1
断片: core pilin domain, N-terminal deleted, UNP residues 48-170
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: safA / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: Q8ZRK4
#2: タンパク質 Outer membrane protein / SAFA PILUS SUBUNIT


分子量: 15270.004 Da / 分子数: 1 / 断片: core pilin domain, UNP residues 27-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: safA / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: Q8ZRK4
#3: タンパク質・ペプチド Outer membrane protein / SAFA N-TERMINAL EXTENSION


分子量: 2070.237 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL EXTENSION, UNP residues 27-45 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SafANte-N-terminal extension / 参照: UniProt: Q8ZRK4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wild-type SafA pili / タイプ: COMPLEX
詳細: Stained with 2% ammonium molybdate. Type B Saf pilus. Fibre.
緩衝液名称: 10 mM TRIS-HCl (pH 8) and 10 mM NaCl / pH: 8 / 詳細: 10 mM TRIS-HCl (pH 8) and 10 mM NaCl
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Ammonium Molybdate
試料支持詳細: Continuous-carbon film

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 10 / 日付: 2004年4月23日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 44000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.4 mm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UROモデルフィッティング
2IMAGIC３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Cross-common lines / 解像度: 17 Å / 粒子像の数: 8500 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.591 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Correlation coefficient / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body
原子モデル構築PDB-ID: 2CO4

2co4


Accession code: 2CO4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 0 0 2135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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