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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cr1 | ||||||
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タイトル | crystal structure of a minimal, mutant, all-RNA hairpin ribozyme (A38C, A-1OMA) grown from MgCl2 | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / ribozyme / A38 | ||||||
機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Salter, J.D. / Wedekind, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2008 タイトル: Structural effects of nucleobase variations at key active site residue Ade38 in the hairpin ribozyme. 著者: MacElrevey, C. / Salter, J.D. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cr1.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cr1.ent.gz | 32.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cr1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cr1_validation.pdf.gz | 421.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cr1_full_validation.pdf.gz | 422.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cr1_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cr1_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3cr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3cr1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AC
#1: RNA鎖 | 分子量: 4066.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 13-mer substrate strand |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 5967.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: loop B ribozyme strand |
-DNA/RNAハイブリッド , 1種, 1分子 B
#2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 9762.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-非ポリマー , 3種, 35分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG2000 MME, lithium sulfate, magnesium chloride, spermidine, sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: bent triangular asymmetric cut si(111) monochromator, RH-coated si for vertical focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30.89 Å / Num. obs: 16729 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 11.01 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2OUE 解像度: 2.25→30.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 941903.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 立体化学のターゲット値: Parkinson et al. Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996) 詳細: Bulk solvent model used
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.9068 Å2 / ksol: 0.335642 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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