PDB-3cqh: Crystal Structure of L-xylulose-5-phosphate 3-epimerase UlaE from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cqh

タイトル

Crystal Structure of L-xylulose-5-phosphate 3-epimerase UlaE from the Anaerobic L-ascorbate Utilization Pathway of Escherichia coli

要素

L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE

キーワード

ISOMERASE / TIM-barrel / phosphate-binding motif / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase / L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase activity / intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses / L-ascorbic acid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Shi, R. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: Structure of L-xylulose-5-Phosphate 3-epimerase (UlaE) from the anaerobic L-ascorbate utilization pathway of Escherichia coli: identification of a novel phosphate binding motif within a TIM barrel fold.
著者: Shi, R. / Pineda, M. / Ajamian, E. / Cui, Q. / Matte, A. / Cygler, M.

履歴

登録	2008年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cqh.cif.gz	118.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cqh.ent.gz	91.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/3cqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cqiC 3cqjC 3cqkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ox6-1 6gqi-1 2vrk-3 4oua-2 5m6b-4 3pwl-1 3t91-d 1lek-d 2gtw-1 2c7f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ULAE_ECO57

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE

B: L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.386, 110.386, 103.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-468- HOH

#1: タンパク質	L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase ulaE / L-xylulose-5- phosphate 3-epimerase / L-ascorbate utilization protein E 分子量: 33851.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ulaE / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XDI5, L-ribulose-5-phosphate 3-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: amonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 6.7 / 数: 167273 / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 1.02 / D res high: 2.08 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33828 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.81	50	100	1	0.046	1.004	5
4.62	5.81	100	1	0.061	1.021	5
4.03	4.62	100	1	0.065	0.969	5
3.66	4.03	100	1	0.08	1.007	5
3.4	3.66	100	1	0.115	1.002	5
3.2	3.4	100	1	0.17	0.966	5
3.04	3.2	100	1	0.268	1.084	5
2.91	3.04	100	1	0.348	1.114	5
2.8	2.91	100	1	0.454	1.056	5
2.7	2.8	100	1	0.51	1.035	4.5

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 38726 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.08-2.15	6.1	0.527	3806	0.8	1	99.9
2.15-2.24	7.3	0.425	3800	0.899	1	100
2.24-2.34	7.7	0.321	3831	0.975	1	100
2.34-2.47	7.9	0.207	3818	0.868	1	100
2.47-2.62	8	0.157	3842	0.834	1	100
2.62-2.82	8	0.123	3835	1.011	1	100
2.82-3.11	8	0.084	3871	1.131	1	100
3.11-3.56	7.9	0.065	3909	1.063	1	100
3.56-4.48	7.7	0.057	3935	1.085	1	100
4.48-50	7.5	0.044	4079	0.997	1	98

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	23.854	0.367	0.729	0.014	0.616
2	Se	52.762	0.228	0.552	0.014	0.811
3	Se	47.657	0.962	0.252	0.005	0.668
4	Se	25.967	0.115	0.784	0.025	0.646
5	Se	51.609	0.134	0.554	0.087	0.795
6	Se	32.236	0.132	0.738	0.082	0.689
7	Se	26.602	0.354	0.78	0.069	0.588
8	Se	56.249	0.733	0.108	0.056	0.851
9	Se	60	0.95	0.229	0.043	0.91
10	Se	60	0.559	0.244	0.024	0.857
11	Se	26.423	0.144	0.715	0.127	0.631
12	Se	30.896	0.355	0.965	0.055	0.591
13	Se	44.802	0.359	0.673	0.031	0.66
14	Se	35.737	0.347	0.806	0.112	0.654
15	Se	25.529	0.123	0.84	0.031	0.533
16	Se	59.931	0.775	0.366	0.072	0.613

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.69 / 反射: 16906 / Reflection acentric: 14623 / Reflection centric: 2283

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-49.541	0.86	0.91	0.78	879	566	313
4.8-7.7	0.83	0.86	0.73	2440	1964	476
3.9-4.8	0.87	0.88	0.8	2992	2555	437
3.4-3.9	0.78	0.79	0.72	2924	2578	346
2.9-3.4	0.6	0.6	0.6	4942	4450	492
2.7-2.9	0.39	0.39	0.37	2729	2510	219

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 9.119 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1939	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	38665	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4033	0	25	169	4227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.276	1.961	5593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.065	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.652	23.744	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.439	15	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.433	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.439	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.961	1.5	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.381	2	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.978	3	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.061	4.5	1541

LS精密化シェル

解像度: 2.081→2.135 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	138	-
R_work	0.282	2656	-
all	-	2794	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9888	0.2848	0.3226	0.9029	0.0773	0.27	0.0805	0.0283	-0.1029	-0.0581	-0.0522	-0.0826	0.0662	0.0384	-0.0283	-0.0474	0.0042	0.0046	-0.0114	0.0058	-0.0077	35.9436	15.3222	29.5564
2	0.9721	0.0835	-0.0894	0.782	-0.0783	0.198	0.0967	0	0.2005	-0.0464	-0.0362	0.1017	-0.0404	-0.0212	-0.0605	-0.0676	0.0078	0.0265	-0.0226	-0.0128	0.0312	17.7799	38.0939	27.6708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 281	16 - 292
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 280	17 - 291

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)