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- PDB-3coi: Crystal structure of p38delta kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3coi
タイトルCrystal structure of p38delta kinase
要素Mitogen-activated protein kinase 13
キーワードTRANSFERASE / Kinase / p38d / p38delta / ERK / MAP kinase / p38-2 / PMK / STK26 / stress-activated protein kinase / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / ATP-binding / Cell cycle / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to anisomycin / cellular response to sorbitol / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events ...cellular response to anisomycin / cellular response to sorbitol / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to UV / peptidyl-serine phosphorylation / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 13 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 13 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Atwell, S. / Burley, S.K. / Houle, A. / Ramos, A. / Sauder, J.M. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of p38delta kinase.
著者: Atwell, S. / Burley, S.K. / Houle, A. / Ramos, A. / Sauder, J.M.
履歴
登録2008年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6521
ポリマ－40,6521
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.271, 71.305, 97.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 13 / Stress-activated protein kinase 4 / Mitogen-activated protein kinase p38 delta / MAP kinase p38 delta


分子量: 40651.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HepG2 / 遺伝子: MAPK13, PRKM13, SAPK4 / プラスミド: pSGX4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15264, mitogen-activated protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE TARGET ID NYSGXRC-8325A PROVIDED BY AUTHORS DOES NOT EXIST IN THE TARGET DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% Glycerol, 20mM Hepes pH 7.5, 150mM Sodium chloride, 10mM Methionine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月6日 / 詳細: KV mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu 111 diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→35 Å / Num. obs: 27415 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 3318 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OZA

2oza


解像度: 2.09→35 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1368 -Random
Rwork0.208 ---
obs0.208 27352 97.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 0 175 2933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONr_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONr_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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