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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cnv
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domain of a putative GntR-family transcriptional regulator from Bordetella bronchiseptica
要素Putative GntR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / GNTR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / BORDETELLA BRONCHISEPTICA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family ...UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Putative GntR-family transcriptional regulator / Putative GntR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zimmerman, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Filippova, E.V. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the ligand-binding domain of a putative GntR-family transcriptional regulator from Bordetella bronchiseptica.
著者: Zimmerman, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Filippova, E.V. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Minor, W.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Structure summary
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative GntR-family transcriptional regulator
B: Putative GntR-family transcriptional regulator
C: Putative GntR-family transcriptional regulator
D: Putative GntR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,46513
ポリマ-74,5314
非ポリマー9349
7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-5.7 kcal/mol
Surface area27200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.196, 58.071, 65.580
Angle α, β, γ (deg.)82.36, 86.52, 68.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Putative GntR-family transcriptional regulator


分子量: 18632.752 Da / 分子数: 4 / 断片: Please see information provided in remark 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
生物種: Bordetella bronchiseptica / : RB50 / NCTC 13252 / 遺伝子: BB3683 / プラスミド: p15Tv LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q7WD95, UniProt: A0A0H3LYW6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE COMPLETE SEQUENCE OF THE PURIFIED POLYPEPTIDE IS: (MSE) ...AUTHORS STATE THAT THE COMPLETE SEQUENCE OF THE PURIFIED POLYPEPTIDE IS: (MSE)GSSHHHHHHSSGRENLYFQG(MSE)AEARPDSLTRSRAAKPAGEGAAFSPLY RQIKELLVQSLDRGEWKPGELIPSEIDLAARFQVSQGTVRKAVDELAAEHLLLRRQG KGTFVATHHEARVRYRFLRLAPDEEGEGGRAESRILECRRLRAPAEIARALELRAGE TVVTIRRQLS(MSE)NH(MSE)PTVIDDLWLPGTHFRGLTLELLTASKAPLYGLFES EFGVS(MSE)VRADEKLRAVAASPEIAPLLGVEPGRPLLQVDRISYTYGDRP(MSE) EVRRGLYLTDHYHYRNSLN FROM WHICH (MSE)GSSHHHHHHSSGRENLYFQG IS AN EXPRESSION TAG, AND THE FOLLOWING SEQUENCE MATCHES THE SEQUENCE OF THE UNIPROT ENTRY Q7WD95. AUTHORS ALSO STATE THAT THE CRYSTALLIZATION SOLUTION WAS TREATED WITH A 1:40 DILUTION OF TRYPSIN, WHICH EVIDENTLY CLEAVED OFF MANY OF N-TERMINAL RESIDUES OF THE PROTEIN PRIOR TO CRYSTAL FORMATION. THE PRECISE LOCATION OF THE CLEAVAGE SITE HAS NOT BEEN DETERMINED. THEREFORE, THE SEQUENCE INFORMATION, AS WELL AS THE VALUES OF MATTHEWS COEFFICIENT AND SOLVENT CONTENT ARE BASED ON THE CHAIN LENGTH STARTING FROM THE FIRST VISIBLE N-TERMINAL RESIDUE IN ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-tris pH 7.0, 1M Tri-ammonium citrate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月23日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 52604 / Num. obs: 52604 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 18.387
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.137 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2614 5.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.167 51591 --
obs0.167 51591 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20.56 Å2-0.84 Å2
2---1.91 Å20.53 Å2
3---0.26 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.322 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4999 0 57 395 5451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0225185
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9222.0017045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4438788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0125637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95520.342234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76715853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2431581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1621.53190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3391.51277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10225125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.36731995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4044.51915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 187 -
Rwork0.17 3548 -
obs--95.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5346-1.03540.48521.421-0.44010.41170.12760.02670.1227-0.14760.0237-0.2293-0.07620.2842-0.1514-0.04260.02320.03740.0628-0.032-0.004965.38827.58140.515
25.13470.9209-0.86043.5449-1.30224.3066-0.0410.0436-0.2915-0.24110.0438-0.05180.4108-0.3177-0.0027-0.07050.0246-0.02270.0269-0.0208-0.070252.64116.11635.866
34.0836-1.18560.6621.58170.79151.81410.02660.01240.1301-0.1773-0.05230.1014-0.0421-0.31280.0257-0.0930.026-0.00550.0636-0.0035-0.059852.69923.51940.239
41.3267-1.02312.33623.14490.16956.75180.29380.3118-0.1587-0.2277-0.05080.13810.50010.265-0.243-0.00120.075-0.02420.111-0.071-0.044369.44911.41931.273
53.346-0.08942.18541.81930.23941.47610.0453-0.1696-0.02450.00390.00860.01590.0206-0.1068-0.0538-0.09310.03060.00540.0557-0.0038-0.058762.52719.30545.008
60.2091-0.44-0.1261.5188-0.26971.6289-0.0599-0.06140.04830.00940.02690.02640.2608-0.09520.033-0.03670.018-0.0032-0.0102-0.02370.010278.5126.72355.882
73.20132.06330.22135.6530.92952.81580.06570.03660.0769-0.1452-0.0151-0.13720.00960.2085-0.0506-0.13480.07540.01090.0071-0.0145-0.021989.74714.25652.98
82.1544-0.60561.47761.278-0.02023.25860.12410.1279-0.0325-0.032-0.0975-0.09230.21960.1516-0.0266-0.1110.0390.0145-0.0116-0.0308-0.008184.00310.95253.654
97.0449-2.1453-0.63499.15462.298510.8868-0.1305-0.20430.44670.34220.0249-0.1213-0.43980.21180.1056-0.13710.0089-0.0157-0.0126-0.02590.025183.51722.11758.223
103.5967-1.0163-0.43771.2215-0.45631.4295-0.03090.0295-0.29370.01810.07070.08560.2275-0.0497-0.0398-0.05630.0343-0.03220.0182-0.0299-0.003770.469.90848.973
110.9769-0.4398-0.0010.4388-0.71022.2128-0.07840.0961-0.0403-0.1816-0.00430.15680.1464-0.32360.0827-0.08810.02230.00990.0475-0.03370.022155.64136.96256.418
129.8088-0.60781.41618.3848-0.40314.1814-0.1746-0.39490.07510.25720.1656-0.5814-0.25620.2630.009-0.0951-0.0280.0027-0.0213-0.04650.015376.86348.36760.174
132.7304-0.7829-0.65541.6931-0.0353.0269-0.01310.05180.20390.02620.0562-0.1609-0.1673-0.1096-0.0431-0.06930.062-0.0057-0.0568-0.02150.010264.40547.21756.9
140.8169-0.3121-0.01612.365-1.28762.3251-0.084-0.01710.15910.20360.1024-0.0635-0.2388-0.181-0.0184-0.07340.0359-0.003-0.0244-0.0351-0.021261.83640.94560.684
151.32060.86480.65092.7989-0.19571.1328-0.05260.00020.05250.00760.0508-0.1322-0.0195-0.05380.0017-0.09660.05030.0243-0.0238-0.0115-0.030665.09733.90359.38
161.0457-0.10310.06820.9377-0.412.7690.0179-0.1657-0.07130.02290.0039-0.29550.12890.1128-0.0218-0.0427-0.0014-0.02250.0292-0.0158-0.020968.75816.75674.91
176.17812.24572.15942.98761.41293.799-0.0166-0.23980.00980.03390.04140.20780.0568-0.4036-0.0247-0.06920.02960.00160.04390.0297-0.087657.35413.01776.617
183.787-1.22136.02586.97342.102515.60540.1003-0.0489-0.49890.69390.0049-0.04260.92540.2157-0.10530.0473-0.0371-0.01230.0030.0622-0.000161.3191.68876.701
190.7251-0.2582-0.0732.55420.41551.74450.0267-0.114-0.05590.06680.0345-0.06680.0198-0.2251-0.0612-0.08860.00770.00970.01960.001-0.049761.28718.92574.215
201.194-0.2591-0.54451.9073-1.50551.6724-0.0111-0.0355-0.1099-0.10550.0376-0.0170.1132-0.0704-0.0265-0.06610.0093-0.0022-0.0077-0.01-0.05263.14919.05567.728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA98 - 1191 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2AA120 - 15623 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3AA157 - 20460 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4AA205 - 227108 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5AA228 - 259131 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6BB100 - 1243 - 27
7X-RAY DIFFRACTION7BB125 - 16828 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8BB169 - 23072 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9BB231 - 244134 - 147
10X-RAY DIFFRACTION10BB245 - 259148 - 162
11X-RAY DIFFRACTION11CC100 - 1223 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12CC123 - 13926 - 42
13X-RAY DIFFRACTION13CC140 - 17643 - 79
14X-RAY DIFFRACTION14CC177 - 22880 - 131
15X-RAY DIFFRACTION15CC229 - 259132 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16DD100 - 1243 - 27
17X-RAY DIFFRACTION17DD125 - 16428 - 67
18X-RAY DIFFRACTION18DD165 - 18268 - 85
19X-RAY DIFFRACTION19DD183 - 23086 - 133
20X-RAY DIFFRACTION20DD231 - 259134 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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