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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cmb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetoacetate decarboxylase (YP_001047042.1) from Methanoculleus marisnigri JR1 at 1.60 A resolution | ||||||
![]() | Acetoacetate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / YP_001047042.1 / Acetoacetate decarboxylase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of acetoacetate decarboxylase (YP_001047042.1) from Methanoculleus marisnigri JR1 at 1.60 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32180.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Methanoculleus marisnigri / 株: JR1 / DSM 1498 / 遺伝子: YP_001047042.1, Memar_1128 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 1389分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PE8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/P33.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PE8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: NANODROP, 30.0% PEG 400, 0.1M CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→29.386 Å / Num. obs: 182268 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.237 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 14.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. CHLORIDE IONS, SODIUM ION AND POLYETHYLENE GLYCOL ARE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 4. THERE IS A TRANSLATIONAL NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY PRESENT MAKING THE SPACE GROUP PSEUDO-C222 WITH CELL (A,B,C/2). AS A RESULT, THE L=2N+1 REFLECTIONS ARE SYSTEMATICALLY WEAK. THIS RESULTS IN A HIGH R-FACTOR FOR L=2N+1 REFLECTIONS AND THE OVERALL R-FACTOR IS RELATIVELY HIGH DUE TO THIS REASON.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.446 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.386 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
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