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万見
- PDB-3cld: Ligand binding domain of the glucocorticoid receptor complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cld
タイトルLigand binding domain of the glucocorticoid receptor complexed with fluticazone furoate
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Tif2 coactivator motif
キーワードTRANSCRIPTION / glucocorticoid receptor / GR / nuclear receptor / Alternative initiation / Chromatin regulator / Disease mutation / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Pseudohermaphroditism / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / glucocorticoid metabolic process / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / maternal behavior / astrocyte differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / adrenal gland development / cellular response to steroid hormone stimulus / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of gluconeogenesis / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / Recycling of bile acids and salts / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to hormone stimulus / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / Hsp90 protein binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / chromatin organization / HATs acetylate histones / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / synapse / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GW6 / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / McLay, I. / Stewart, E. / Biggadike, K.B. / Hassell, A.M. / Bledsoe, R.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of the novel enhanced-affinity glucocorticoid agonist fluticasone furoate in the glucocorticoid receptor-ligand binding domain.
著者: Biggadike, K. / Bledsoe, R.K. / Hassell, A.M. / Kirk, B.E. / McLay, I.M. / Shewchuk, L.M. / Stewart, E.L.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
H: Tif2 coactivator motif
B: Glucocorticoid receptor
C: Tif2 coactivator motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0066
ポリマ－62,9294
非ポリマー1,0772
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-36.1 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.340, 127.340, 77.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29985.844 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 521-777 / 変異: F602Y, C638G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was expressed as a 6His-GST fusion protein. The 6His-GST portion was cleaved off prior to crystallization with thrombin
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Tif2 coactivator motif


分子量: 1478.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized, the sequence can be found in Homo sapiens (human)
参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GW6 / (6alpha,11alpha,14beta,16alpha,17alpha)-6,9-difluoro-17-{[(fluoromethyl)sulfanyl]carbonyl}-11-hydroxy-16-methyl-3-oxoan drosta-1,4-dien-17-yl furan-2-carboxylate / Fluticasone furoate / フルチカゾンフランカルボン酸エステル


分子量: 538.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29F3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM BisTrisPropane, 2.2M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→110.43 Å / Num. all: 16640 / Num. obs: 15786 / % possible obs: 97.05 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2.83→2.91 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1327 / % possible all: 84.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M2Z

1m2z


解像度: 2.84→110.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 33.07 / SU ML: 0.303 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26675 850 5.1 %RANDOM
Rwork0.20681 ---
obs0.20984 15786 97.05 %-
all-16640 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.93 Å2-1.97 Å20 Å2
2---3.93 Å20 Å2
3---5.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→110.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 74 20 4096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1812.0025676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3355494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98124.251167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0115726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9441516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22978
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.281.52564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52924022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.82131835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4224.51654
LS精密化 シェル解像度: 2.838→2.912 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 68 -
Rwork0.312 994 -
obs-1327 84.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.31753.6290.07916.25410.28231.91330.40890.21930.6620.2972-0.23450.5502-0.0048-0.1171-0.1744-0.27460.03550.0011-0.3276-0.053-0.507641.33027.79670.3442
216.9265-2.49860.09785.04621.01131.75720.2869-0.1087-0.4094-0.3544-0.19270.7311-0.1296-0.1449-0.0942-0.2227-0.02830.0577-0.3107-0.0073-0.448242.1142-3.1776-37.2431
323.689411.435420.273621.91082.789520.33740.162.1463-0.8063-0.1010.953-1.21691.2410.1634-1.113-0.05660.0086-0.2745-0.1041-0.32070.623139.4734-11.2507-4.9167
47.2847-9.2472-3.751728.23-6.49329.61410.2861-1.031.43740.07240.7028-0.7246-0.82140.3308-0.9889-0.0842-0.15940.25050.142-0.38330.989438.020315.4808-31.9867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA528 - 77610 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2BC528 - 77610 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3HB743 - 7504 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4CD743 - 7504 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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