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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cl2 | ||||||
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タイトル | N1 Neuraminidase N294S + Oseltamivir | ||||||
![]() | Neuraminidase | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE / N1 / Neuraminidase / N294S / Oseltamivir / Glycosidase / Membrane / Transmembrane / Virion | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Collins, P. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Liu, J. / Russell, R.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Martin, S.R. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of oseltamivir-resistant influenza virus neuraminidase mutants. 著者: Collins, P.J. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Liu, J. / Russell, R.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Martin, S.R. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 566 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 485.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42157.891 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 63-447 / 変異: N294S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): WSN-NA (H1N1) / 参照: UniProt: Q6DPL2, exo-alpha-sialidase #2: 化合物 | ChemComp-G39 / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→29.8 Å / Num. obs: 190670 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 88.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.538→29.853 Å / FOM work R set: 0.837 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.87 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 0.41 Å2 / Biso mean: 17.05 Å2 / Biso min: 125.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.538→29.853 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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