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万見
- PDB-3o9k: Influenza NA in complex with compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o9k
タイトルInfluenza NA in complex with compound 6
要素Neuraminidase
キーワードHYDROLASE / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETT / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4945 Å
データ登録者Russell, R.J. / Kerry, P.S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2010
タイトル: Novel sialic acid derivatives lock open the 150-loop of an influenza A virus group-1 sialidase.
著者: Rudrawar, S. / Dyason, J.C. / Rameix-Welti, M.A. / Rose, F.J. / Kerry, P.S. / Russell, R.J. / van der Werf, S. / Thomson, R.J. / Naffakh, N. / von Itzstein, M.
履歴
登録2010年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _entity.src_method / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2612
ポリマ－42,8391
非ポリマー4211
水00
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0428
ポリマ－171,3564
非ポリマー1,6864
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area43830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.491, 90.491, 107.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 42839.105 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 81-467 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/duck/Ukraine/1/1963(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Ukraine/1/1963 H3N8 / 参照: UniProt: Q07599, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-ETT / 5-acetamido-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / 5-(acetylamino)-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / (4S)-3-[3-(4-メチルフェニル)-2-プロペニル]-4α-ヒドロキシ-5β-(アセチルアミノ)-6α-[(1(以下略)


タイプ: D-saccharide / 分子量: 421.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H27NO8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50% MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4945→30 Å / Num. all: 14863 / Num. obs: 13808 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4945→2.54 Å / % possible all: 60.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4945→21.506 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 697 5.05 %Random
Rwork0.22 ---
obs0.2236 13808 91.16 %-
all-14863 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.343 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.18 Å2-0 Å20 Å2
2---18.18 Å2-0 Å2
3---36.3601 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4945→21.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3002 0 30 0 3032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2254195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1911133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4945-2.68680.42691040.29622008X-RAY DIFFRACTION70
2.6868-2.95660.36041580.26762670X-RAY DIFFRACTION94
2.9566-3.3830.33451420.252771X-RAY DIFFRACTION96
3.383-4.25670.28151470.19292780X-RAY DIFFRACTION97
4.2567-21.50670.21431460.17922882X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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